合作协议可以盖合同章，且在符合法律规定和协议约定的情况下，盖合同章的合作协议具有法律效力。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、合同章的法律效力

合同章是专门用于签订合同的印章，它代表了公司或组织在合同签订方面的授权和认可。在法律上，合同章与公章具有同等的法律效力，只要合同章的使用符合法律规定和公司的内部规定，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么使用合同章签订的合作协议就是有效的。

二、合作协议盖合同章的合法性

1. 符合公司规定：在使用合同章签订合作协议前，应确保公司内部有明确的规定或授权，允许使用合同章签订此类协议。这通常体现在公司的印章管理制度或相关授权文件中。

2. 不违反法律法规：合作协议的内容应合法合规，不违反法律、行政法规的强制性规定。如果协议内容存在违法或违规情况，即使盖了合同章，该协议也可能被认定为无效。

3. 双方意思表示真实：合作协议的签订应是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时存在欺诈或胁迫行为，那么该协议可能因意思表示不真实而被撤销。

三、合作协议盖合同章的注意事项

1. 确认印章的真实性：在签订合作协议前，应确认对方使用的合同章是真实有效的，避免使用伪造或变造的印章。这可以通过要求对方提供印章备案证明或进行印章比对等方式进行验证。

2. 明确协议内容：在签订合作协议时，应明确协议的内容、条款和双方的权利义务等，避免出现模糊不清或存在歧义的情况。这有助于减少后续纠纷的发生。

3. 保留相关证据：在签订合作协议后，应妥善保管协议原件和相关证据材料，如签订过程中的沟通记录、付款凭证等。这些证据材料在后续纠纷解决中可能起到关键作用。

四、法律后果

如果合作协议盖了合同章且符合上述条件，那么该协议将具有法律效力，双方应按照协议约定履行各自的义务。如果一方违反协议约定，另一方有权要求其承担违约责任或赔偿损失等法律责任。

如有任何关于合作协议或合同章使用的法律问题，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。