联合体协议可以盖合同章，但具体是否适用需结合协议性质、签署主体及行业惯例综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 合同章的法律效力基础

根据《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。合同章作为企业专用印章，代表企业意志，在合同上加盖合同章即视为企业确认合同内容。因此，联合体协议作为合同的一种形式，理论上可以加盖合同章。

2. 联合体协议的特殊性

联合体协议通常由两个或以上主体（如企业、个人）共同签署，约定各方在联合体中的权利义务。其特殊性在于：

• 主体多元性：若联合体成员均为企业，加盖合同章是常见做法；若包含个人，则需个人签字（个人无合同章）。
• 协议性质：若联合体协议属于合作框架协议，可能更侧重各方合作意愿的表达，此时加盖公章（体现企业最高权威）或合同章均可；若涉及具体权利义务（如分工、收益分配），合同章更符合合同属性。

3. 行业惯例与实际操作

• 建筑、工程领域：联合体投标时，协议通常需加盖各成员合同章或公章，并由法定代表人签字，以符合招标文件要求。
• 科技、研发合作：若联合体协议侧重技术合作，可能更注重各方技术能力确认，此时公章或合同章均可，但需配合授权文件使用。
• 个人参与场景：若联合体包含个人，个人部分需签字并按手印，企业部分加盖合同章或公章。

4. 潜在风险与建议

• 印章效力风险：确保合同章已备案且未过期，避免因印章无效导致协议不成立。
• 主体资格风险：联合体成员需具备签订协议的资格（如企业需合法存续，个人需具备完全民事行为能力）。
• 建议操作：
  1. 明确协议性质（框架协议/具体合同），选择对应印章（公章/合同章）。
  2. 若涉及个人，需个人签字并按手印，企业部分加盖合同章。
  3. 保留印章使用授权文件（如企业出具盖章授权书），避免纠纷。

5. 例外情形

若联合体协议需向第三方（如政府、法院）提交，可能要求加盖公章（体现企业最高认可）。此时需根据具体要求调整印章类型。

总结：联合体协议可以盖合同章，但需结合协议性质、签署主体及行业惯例综合判断。若涉及复杂情形（如跨行业合作、个人参与），建议提前咨询律师，确保协议效力。如有具体协议或场景需分析，可直接向我提问。