核心结论：事业单位内设部门临时负责人超过三个月是否合规及如何处理，需结合具体规定和实际情况判断，常见处理方式包括完善任命程序、接受监督整改或承担相应责任。以下是具体分析：

1. 合规性判断依据
   根据《事业单位人事管理条例》及单位内部规章制度，内设部门负责人的任免通常需履行正式程序（如民主推荐、考察、公示、任免文件等）。若临时负责人超过三个月仍未完成正式任命程序，可能涉嫌程序违规，但需结合以下因素综合判断：

   • 单位内部规定：部分单位可能通过规章制度明确临时负责人的最长期限（如“不得超过6个月”），若未超出该期限则不违规；
     
   • 特殊情形：如原负责人突发离职、单位改革等紧急情况，临时负责人期限可能适当延长，但需事后补全程序或报上级备案；
     
   • 地方性规定：部分地区对事业单位人事管理有细化规定，需核查当地政策是否对临时负责人期限有额外要求。

2. 常见处理方式

   • 完善任命程序：若临时负责人已实际履职超过三个月，单位应尽快启动正式任命程序（如补发任免文件、完成考察公示等），确保程序合法；
     
   • 接受监督整改：若被上级部门或审计机构发现程序违规，单位需配合整改，可能涉及撤销临时任命、重新选拔或对责任人追责；
     
   • 责任承担：若因临时负责人超期导致单位决策失误或利益受损，相关责任人（如单位领导、人事部门）可能因“未依法履职”承担行政责任或内部处分。

3. 对个人的影响

   • 临时负责人：若未完成正式任命，其职责权限可能受限（如无法签署重要合同、参与决策等），且超期履职可能影响其后续晋升或考核评价；
     
   • 单位员工：若临时负责人超期导致管理混乱或利益冲突，员工可向单位内部监督部门（如纪委、工会）反映，或通过信访渠道维权。

建议：若您所在单位存在此类情况，可先核查内部规章制度及地方政策，确认临时负责人期限是否合规；若已超期，建议推动单位尽快完成正式任命程序，避免程序风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。