公司在特定且合法的情况下可以扣除员工的绩效奖金，但必须确保扣除行为有明确的法律依据、符合劳动合同和规章制度的约定，并遵循公平、公正、透明的原则。以下是对此问题的详细分析：
可以扣除的情形
劳动合同或规章制度明确规定：
- 如果员工与公司签订的劳动合同中明确约定了绩效奖金的考核及扣除条件，并且这些条款合理合法，那么公司可以按照约定扣除绩效奖金。例如，劳动合同中可能规定，若员工未能完成既定的工作任务或违反公司规章制度，公司有权扣除一定比例的绩效奖金。
- 同时，公司依法制定并公示的规章制度中也应详细说明绩效奖金的扣除情形。这些规定需经过民主程序制定并公示，以确保其合法性。比如，公司可以通过职工代表大会或全体职工讨论的方式制定规章制度，并在公司内部进行公示，让员工知晓并遵守。
员工绩效不达标：
- 当员工因个人原因（如工作失误、未能完成工作任务、违反工作纪律等）导致绩效评估未能达到公司设定的标准时，公司可以基于客观的绩效评估体系和流程，在有充分证据证明的情况下，扣除相应的绩效奖金。例如，公司可以设定明确的销售目标，若员工未能达到该目标，则根据合同或规章制度扣除一定比例的绩效奖金。
遵循扣款比例限制：
- 公司在扣除绩效奖金时，必须遵守扣款不能超过职工工资总额的20%的规定，同时确保余下的工资不低于当地最低工资标准。这是为了保护员工的基本生活需求，防止公司过度扣除奖金导致员工生活困难。
不可以扣除的情形
缺乏合法依据：
- 如果劳动合同和规章制度中没有关于绩效奖金扣除的规定，或者公司的规定未依法经过民主程序制定和公示，那么公司不得随意扣除员工的绩效奖金。例如，若公司未经员工同意，擅自制定扣除奖金的规定，并据此扣除员工奖金，这种行为是违法的。
不合理的绩效评估：
- 绩效评估过程必须公正、透明，且有明确的评估标准和证据支持。如果公司未制定明确的绩效考核标准，或者绩效考核过程存在不公正、不透明的情况，公司无权扣除绩效工资。例如，若公司仅凭主观印象或个人喜好对员工进行绩效评估，并据此扣除奖金，这种行为是不合理的。
变相克扣工资：
- 公司不得以不合理的借口频繁扣除奖金，导致员工实际收入大幅降低，从而损害员工的基本权益。这种行为被视为变相克扣工资，是违法的。例如，若公司以“公司效益不好”为由，频繁扣除员工奖金，导致员工收入大幅下降，这种行为就可能构成变相克扣工资。
扣除后的义务与法律责任
提供解释和说明：
- 在扣除绩效奖金后，公司应向员工提供详细的解释和说明，包括扣除的原因、依据以及扣款的具体金额等，确保员工充分了解扣除情况。这是为了保障员工的知情权，防止公司滥用扣除奖金的权力。
面对法律后果：
- 如果公司违法扣除员工的绩效奖金，将面临严重的法律后果。劳动行政部门将责令公司支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可能责令支付赔偿金。同时，公司的声誉和信誉也将受到严重影响。因此，公司在扣除奖金时必须谨慎行事，确保其行为符合法律法规的要求。
员工权益保护
- 如果员工认为公司扣除绩效奖金的行为不合法或不合理，可以先与公司进行沟通协商，要求公司提供扣除的依据和理由。若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申诉过程中，员工应提供充分的证据来证明公司的扣除行为是不合法或不合理的。例如，员工可以提供劳动合同、规章制度、绩效评估结果等证据来支持自己的主张。
综上所述，公司在扣除员工绩效奖金时必须谨慎行事，确保其行为符合法律法规的要求，并尊重员工的合法权益。同时，员工也应了解自己的权益和义务，在必要时采取合适的措施来保护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。