利用建设工程投标违规进行敲诈五十万元的行为，已涉嫌构成刑事犯罪，应当立即向公安机关报案，由司法机关依法追究行为人的刑事责任。以下从不同角度详细分析该情况的处理方式：

1. 刑事责任角度

   • 罪名认定：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十四条，敲诈勒索公私财物，数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。五十万元已远超“数额特别巨大”的标准（通常为三十万元至五十万元以上，具体标准因地区而异），行为人可能面临十年以上有期徒刑及罚金。
   • 立案程序：受害方应立即向工程所在地或行为人居住地的公安机关报案，提交投标违规证据（如串标、围标记录）、敲诈勒索的聊天记录、转账记录等。公安机关立案后，将通过侦查固定证据，移送检察院审查起诉。
   • 量刑情节：若行为人同时涉及串通投标罪（《刑法》第二百二十三条），可能数罪并罚。但需注意，敲诈勒索罪与串通投标罪的竞合关系需由司法机关根据具体情节认定。

2. 民事赔偿角度

   • 财产返还：根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。受害方可要求行为人返还被敲诈的五十万元，并主张利息损失。
   • 合同效力：若敲诈行为导致签订的工程合同存在胁迫情形，受害方可依据《中华人民共和国民法典》第一百五十条，请求法院或仲裁机构撤销合同，并要求行为人赔偿因合同撤销产生的直接损失（如重新招标的费用、工期延误损失等）。

3. 行政处罚角度

   • 投标违规处罚：即使行为人未被追究刑事责任，其投标违规行为仍可能面临行政处罚。根据《中华人民共和国招标投标法》第五十三条，串通投标者可能被处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款，没收违法所得，并取消其一年至二年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格。
   • 举报途径：受害方可向工程所在地的县级以上地方人民政府住房和城乡建设主管部门举报投标违规行为，要求行政机关启动调查程序。

4. 实务建议

   • 证据固定：立即保存所有与敲诈相关的书面、电子证据（如威胁短信、录音、转账凭证），并制作证据清单。
   • 同步报案与举报：向公安机关报案的同时，向招投标监管部门举报违规行为，形成刑事与行政双重追责。
   • 法律程序衔接：在刑事案件审理过程中，可提起刑事附带民事诉讼，要求行为人赔偿损失，避免单独提起民事诉讼的程序冗长。

特别提醒：若您或您的企业正面临此类情况，请务必在律师指导下处理证据和报案材料，避免因操作不当影响案件定性。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。