结论：公司在校生实习协议丢失后，一般可以让公司补办，但具体能否补办以及补办的流程和要求，需根据公司的规章制度以及双方协商的情况来确定。

分析说明：

1. 实习协议的法律性质：

   • 实习协议是实习生与公司之间就实习期间双方的权利和义务所达成的书面协议。它虽然不同于正式的劳动合同，但同样具有法律约束力，是双方权益保障的重要依据。

2. 协议丢失后的处理：

   • 公司规章制度：首先，应查看公司的规章制度或相关政策，看是否有关于协议丢失后如何处理的具体规定。如果公司有明确规定，如可以补办、补办流程等，那么应按照公司规定执行。
   • 双方协商：如果公司规章制度中没有明确规定，或者规定不明确，那么实习生可以与公司进行协商，看是否可以补办一份新的实习协议。在协商过程中，实习生可以说明协议丢失的原因，并表达补办协议的意愿。

3. 补办协议的注意事项：

   • 内容一致性：补办的实习协议应与原协议内容一致，包括实习期限、实习岗位、实习待遇、双方权利义务等条款。
   • 双方签字盖章：补办的协议需要双方签字盖章，以确保其法律效力。实习生应确保自己和公司代表都在协议上签字，并加盖公司公章或合同专用章。

4. 无法补办的情况及应对：

   • 公司拒绝补办：如果公司拒绝补办实习协议，实习生可以要求公司出具一份书面说明，说明拒绝补办的原因和依据。同时，实习生可以保留好与实习相关的其他证据，如实习期间的考勤记录、工作成果、同事证言等，以备不时之需。
   • 协商无果：如果双方协商无果，实习生可以考虑向学校的就业指导中心或相关部门寻求帮助，或者咨询专业律师，了解自己的权益和可能的维权途径。

行动建议：

• 及时沟通：一旦发现实习协议丢失，应尽快与公司沟通，说明情况并表达补办意愿。
• 保留证据：在补办协议的过程中，应保留好与实习相关的其他证据，以备不时之需。
• 寻求帮助：如果遇到无法解决的问题，可以向学校的就业指导中心或相关部门寻求帮助，或者直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。