结论：对方函里明确了交通费用、住宿费由自己支付，这并不直接决定接待单位能否进行公务接待，关键在于公务接待的合规性以及是否符合相关规定和程序。以下从不同角度进行分析：

1. 公务接待的合规性基础：

   • 公务接待通常指的是因工作需要，接待单位为来访的公务人员提供的必要接待服务，包括餐饮、住宿、交通等。其核心在于“公务”性质，即接待行为必须与工作相关，且符合相关规定和程序。
   • 对方函中明确交通费用、住宿费由自己支付，这仅是对费用承担方式的说明，并不改变接待的公务性质。因此，如果接待行为本身符合公务接待的条件和程序，那么即使费用由对方承担，也不影响接待的合规性。

2. 费用承担与公务接待的关系：

   • 费用承担方式（自费或接待单位承担）并不是决定公务接待能否进行的关键因素。关键在于接待行为是否必要、合理，且符合相关规定。
   • 如果接待单位认为接待行为是必要的，且符合公务接待的条件和程序，那么即使对方函中明确费用由自己承担，接待单位仍然可以进行公务接待。但在此情况下，接待单位应确保接待行为不违反任何规定，如不超标准接待、不接受可能影响公正执行公务的宴请等。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 接待单位在进行公务接待时，应严格遵守相关规定和程序，如填写接待清单、报经审批等。
   • 如果对方函中明确费用由自己承担，接待单位应在接待前与对方确认，并确保接待行为不会因此产生任何违规或不当行为。
   • 接待单位还应保留好相关证据，如接待清单、审批文件等，以备查验。

4. 可能的法律后果：

   • 如果接待单位违反相关规定进行公务接待，即使费用由对方承担，也可能面临法律责任，如被要求退还违规接待的费用、受到行政处分等。
   • 因此，接待单位在进行公务接待时，应始终确保合规性，避免任何违规行为。

建议：在对方函明确交通费用、住宿费由自己支付的情况下，接待单位仍应谨慎评估接待的必要性、合理性和合规性。如果决定进行公务接待，应确保接待行为符合相关规定和程序，并保留好相关证据。如有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。