针对事业单位人员长期不上班如何办理退休的问题，这实际上涉及两个主要方面：一是如何处理长期不上班的情况，二是在此基础上如何办理退休。以下我将结合相关法律法规和单位规章制度，为您提供一个清晰、详细且深入的解答。
一、处理长期不上班的情况
法律依据与程序合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条及《事业单位工作人员管理条例》第十五条，事业单位有权对严重违反规章制度的员工，特别是连续旷工超过规定天数的情形，解除劳动合同或聘用合同。
- 在处理前，单位必须确保程序的合法性，包括向员工发出书面通知，要求其解释缺勤原因，并给予合理期限进行改正。
旷工情形的具体处理：
- 一般旷工：对于初次或短期旷工者，单位应进行批评教育，并口头或书面告诫，要求其改正。同时，按旷工天数扣减工资、奖金等福利待遇。若连续旷工超过一定天数（如15个工作日）或一年内累计旷工超限（如30个工作日），可给予警告、记过、降低岗位等级、撤职或开除等处分。
- 特殊情况：若员工因涉嫌违法犯罪被限制人身自由，单位需待司法机关最终处理结果后决定后续处理方式。若员工因患病等特殊原因无法上班，应按单位规定办理请假手续并提供相应证明。未经批准或手续不全者，仍按旷工处理。
考虑员工请假情况与合理需求：
- 单位在处理长期不上班员工时，应充分考虑其是否存在合理的请假事由，如病假、事假等。建立健全的请假制度，明确请假条件、程序和期限，确保员工在需要时能够合法合规地请假。
其他管理措施：
- 沟通协商：与员工进行沟通，了解其不上班的具体原因和困难，尝试通过协商解决问题。
- 提供帮助：对于存在特殊情况需要单位照顾或支持的员工，单位可在合法合规前提下提供相应帮助。
- 加强制度建设：加强规章制度的学习和宣传，提高员工对规章制度的认识和遵守意识。
二、在处理长期不上班情况后办理退休
确认员工状态：
- 在处理完长期不上班的情况后，单位需要确认员工的状态是否符合退休条件。这通常包括年龄、工龄、健康状况等方面的要求。
准备退休材料：
- 员工需要准备相关的退休材料，如身份证、工作证、社保缴纳证明、个人档案等。单位也应提供必要的证明文件，如员工的工作表现、考勤记录等。
提交退休申请：
- 员工或单位应向相关部门提交退休申请，并附上所有必要的材料。申请过程中应确保所有信息的真实性和准确性。
审核与批准：
- 相关部门将对退休申请进行审核，包括核对员工的个人信息、工作经历、社保缴纳情况等。审核通过后，将批准员工的退休申请，并办理相关的退休手续。
享受退休待遇：
- 员工在退休后，将享受国家规定的退休待遇，包括养老金、医疗保险等。单位也应按照相关规定，为员工办理退休后的相关手续，如社保转移、公积金提取等。
总结：
事业单位在处理长期不上班的员工时，应严格遵循法律法规和单位规章制度，同时兼顾员工的实际情况和合理需求。通过合法的程序、合理的经济处罚、必要的纪律处分以及人性化的管理措施，确保处理的公正性和有效性。在处理完长期不上班的情况后，单位应协助员工准备退休材料，提交退休申请，并享受国家规定的退休待遇。