结论：大二时因自主实习六个月而签订的三方协议，对以后是否有影响，需根据协议的具体内容、签订目的及后续使用情况来判断。以下从不同角度进行分析：

一、三方协议的基本性质与目的

三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。它主要解决的是应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题，是编制就业计划和派遣的依据。通常情况下，三方协议的签订是为了保障毕业生在正式毕业前的就业权益，以及学校对学生就业情况的统计和管理。

二、大二实习签订三方协议的特殊性

1. 身份特殊性：大二学生尚未毕业，不属于应届毕业生范畴，因此签订三方协议在身份上存在一定特殊性。但若学校或实习单位有特殊要求，或出于保障实习期间权益的考虑，签订三方协议也并非完全不可行。

2. 协议内容与目的：需仔细审查三方协议的具体内容，特别是关于实习期间、毕业后就业、违约责任等条款。若协议内容主要针对实习期间的权益保障，且未涉及毕业后就业等长远规划，则对以后的影响可能相对较小。

三、对以后可能产生的影响

1. 就业影响：

   • 若协议中包含毕业后直接就业的条款：则可能限制你在毕业后的就业选择，需按照协议约定到指定单位就业，否则可能面临违约责任。
   • 若协议仅针对实习期间：则对毕业后就业无直接影响，但需注意协议中是否有关于实习结束后继续留用的条款，以及这些条款是否对你构成约束。

2. 档案与户籍影响：

   • 三方协议通常与档案和户籍的迁移相关。若协议中涉及档案和户籍的迁移条款，且你按照协议执行了迁移手续，则可能对你以后的档案管理和户籍变动产生影响。
   • 若未涉及或未执行迁移手续：则对档案和户籍无直接影响。

3. 法律责任影响：

   • 签订三方协议后，若违反协议约定（如未按时到岗、提前离职等），可能需承担违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。
   • 违约责任的大小和范围取决于协议的具体约定。因此，在签订协议前，务必仔细阅读并理解协议中的违约责任条款。

四、建议与措施

1. 仔细审查协议内容：在签订三方协议前，务必仔细阅读协议条款，特别是关于实习期间、毕业后就业、违约责任等关键条款。确保自己完全理解并同意协议内容后再签字。

2. 咨询学校或实习单位：若对协议内容有疑问或不确定的地方，可及时咨询学校就业指导中心或实习单位的人力资源部门，以获取更准确的解答和指导。

3. 保留协议副本：签订协议后，务必保留好协议副本或复印件，以备不时之需。在实习期间或毕业后遇到相关问题时，可依据协议内容维护自己的合法权益。

4. 关注后续影响：在实习期间和毕业后，密切关注协议可能对自己产生的影响。如遇到问题或纠纷，可及时寻求法律帮助或咨询专业律师（如我）以获取更专业的解答和指导。

总之，大二时因自主实习六个月而签订的三方协议对以后是否有影响，需根据协议的具体内容、签订目的及后续使用情况来判断。在签订协议前务必仔细审查协议内容并咨询相关意见，以保障自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。