结论：学校要求实习四个月但第三方协议签了六个月，这种情况是否有问题，需根据协议内容、双方约定及法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容与双方约定
协议内容：首先，需要仔细审查第三方协议的具体内容，特别是关于实习期限、双方权利义务、违约责任等条款。如果协议中明确规定了实习期限为六个月，且双方均已签字确认，那么从合同法的角度来看，双方应当按照协议约定履行。
双方约定：如果学校在要求实习四个月时，并未与第三方或你本人就实习期限进行明确协商并达成一致，而是直接要求你签订了六个月的实习协议，这可能存在信息不对称或误导的情况。此时，你可以与学校或第三方进行沟通，尝试协商修改协议期限。
二、法律规定与权益保护
实习生的权益：作为实习生，你享有劳动法规定的劳动者基本权益，如获得劳动报酬、休息休假、劳动安全卫生保护等。如果实习协议中的期限与学校要求不符，且可能影响到你的权益，你有权提出异议并寻求法律保护。
违约责任：如果协议中规定了违约责任，且你因学校要求而提前结束实习，可能需要承担一定的违约责任。但这也取决于协议的具体条款和双方的协商情况。如果违约责任过于苛刻或不合理，你可以寻求法律途径进行维权。
三、实际操作建议
沟通协商：首先，建议与学校和第三方进行沟通协商，明确实习期限和双方的权利义务。如果可能的话，尝试达成一个双方都能接受的实习期限。
审查协议：在签订实习协议前，务必仔细审查协议内容，特别是关于实习期限、违约责任等条款。如果发现协议中有不合理或模糊的地方，应及时提出并要求修改。
寻求法律帮助：如果沟通协商无果，且你认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为你提供法律咨询和代理服务，帮助你维护自己的合法权益。
举例说明：假设你与第三方签订了六个月的实习协议，但学校只要求实习四个月。在这种情况下，你可以先与学校沟通，了解学校为何要求实习四个月，并尝试协商是否可以延长实习期限以符合协议要求。如果学校不同意延长实习期限，你可以与第三方协商修改协议期限或解除协议（如果协议中有相关条款且符合法律规定）。如果协商无果，你可以考虑寻求法律帮助来维护自己的权益。
最后建议：在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。