单位破产清算时，员工确实可以申请劳动仲裁，且该权利受到法律保护。以下是对此问题的详细解答：
一、公司破产清算与员工劳动仲裁的关系
公司破产清算的法律后果：
- 公司破产清算意味着其无法继续经营，资产将被清算以偿还债务。
- 破产程序启动后，公司的管理权将移交给破产管理人，由他们负责处理公司的债权债务关系。但公司的法人主体资格在注销前仍然存在，仍需承担相应的法律责任，包括员工工资、经济补偿等。
员工劳动仲裁的独立性：
- 劳动仲裁是解决劳动争议的一种法律途径，与公司是否破产无直接关联。
- 员工在面临工资拖欠、未签订劳动合同、违法解除劳动关系等劳动纠纷时，可以依法向当地劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁，要求公司承担相应的法律责任。
二、员工在公司破产清算时如何提起劳动仲裁
确定被申请人：
- 在公司破产清算的情况下，虽然公司的法人资格可能尚未注销，但实际的管理和运营已经由破产管理人接管。因此，员工在提起劳动仲裁时，可以将破产管理人列为被申请人。如果破产管理人未接管或存在其他特殊情况，也可以根据实际情况将公司列为被申请人。
准备仲裁材料：
- 员工需要准备相关的证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作证等，以证明自己的权益受到侵害。
- 同时，还需要撰写仲裁申请书，明确仲裁请求（如工资支付、经济补偿、补缴社保等）和事实理由，并注明具体金额或补偿方式。
提交仲裁申请：
- 员工应在规定的时效期内（一般为一年）向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请。
- 仲裁委员会在收到申请后，会进行审查并决定是否受理。
参与仲裁程序：
- 一旦仲裁申请被受理，员工需要按照仲裁委员会的要求参与仲裁程序，包括出庭陈述、举证质证等。
- 仲裁委员会将根据双方提供的证据和陈述，作出裁决。
三、公司破产清算时员工劳动仲裁的特殊考虑
仲裁结果的执行问题：
- 如果仲裁结果支持员工的诉求，但公司因破产而无法履行支付义务，员工可能需要通过破产清算程序来主张自己的债权。
- 在这种情况下，员工应及时向破产管理人申报债权，并按照破产法的相关规定参与债权分配。根据《中华人民共和国企业破产法》，破产财产应优先用于支付职工的工资、社保费用等。
与其他债权人的竞争：
- 在破产清算程序中，员工的债权可能与其他债权人的债权存在竞争关系。
- 根据破产法的规定，不同性质的债权在清偿顺序上可能存在差异。因此，员工需要了解自己的债权性质和在清偿顺序中的位置，以便更好地维护自己的权益。
四、法律建议
由于公司处于破产清算阶段，情况可能较为复杂且涉及多个法律知识点。因此，建议员工在申请劳动仲裁前充分了解相关法律法规和程序要求，并准备好充分的证据材料。如果员工在申请劳动仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我将根据员工的具体情况提供专业的法律建议和帮助。