结论前置：合同约定双方签字盖章后生效，若仅盖法人章，合同是否有效需结合具体情况判断，一般情况下，仅盖法人章合同仍可能有效，但需满足一定条件。以下从不同角度详细分析：
一、法律基础与合同约定
法律基础：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，“签字、盖章”在法律上是选择关系，任何一项的完成都足以使合同成立。依法成立的合同，自成立时即产生法律效力，除非存在特别约定或法律法规另有规定。
合同约定：
- 若合同中仅提及“盖章签字生效”，但未明确必须同时具备两者，则盖章即可视为合同成立并生效的有效方式。此时，即便没有签字，合同仍然可能具有法律效力。
- 若合同中有明确约定，即认为必须同时满足盖章和签字条件合同才生效，那么仅有盖章时合同效力将存疑。此时，需要结合具体证据和事实来认定合同的效力。
二、实际履行与合同效力
- 即使合同未同时满足盖章和签字条件，但如果一方已经履行了合同的主要义务，且对方已接受，根据《民法典》的规定，该合同仍被视为成立并生效。例如，在买卖合同中，买方已支付货款，卖方已交付货物，即便合同上仅盖有法人章而未签字，该合同仍有效。
三、特殊情况考虑
真实意思表示：
- 合同内容应不违反法律法规的强制性规定，并且是双方真实意思的表示。若盖章并非合同约定主体所盖，或存在欺诈、胁迫等情形，导致合同并非双方真实意思表示，则合同的效力将受到严重影响。
盖章主体与印章真伪：
- 盖章主体的权限以及印章的真伪也是影响合同效力的关键因素。若盖章并非合同约定主体所盖，或印章存在伪造等情形，合同的效力将受到质疑。例如，若合同约定需由公司法定代表人签字并盖章，但实际仅盖了公司公章而未由法定代表人签字，且该公章并非法定代表人授权使用，则合同效力可能存在问题。
四、建议与实践
- 为避免后续纠纷的发生，建议在签订合同时，双方应明确约定生效条件及签字盖章事宜。这包括但不限于明确是“签字或盖章”还是“签字并盖章”生效，以及盖章的具体要求（如盖章主体、印章类型等）。
- 在实际签订合同时，应确保盖章主体具备相应的权限，且印章真实有效。若对盖章主体的权限或印章的真伪存在疑问，应及时进行核实和确认。
举例说明：
- 假设甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中约定“双方签字盖章后生效”。在签订合同时，甲方仅盖了公司公章而未签字，但乙方已接受货物并支付了货款。在此情况下，由于乙方已履行了合同的主要义务且甲方已接受，该合同仍被视为成立并生效。
- 再假设甲乙双方签订了一份合作协议，合同中明确约定“必须同时由双方签字并盖章后生效”。在签订合同时，甲方仅盖了公司公章而未签字。在此情况下，由于合同中有明确约定且甲方未满足约定条件，该合同的效力将存疑。若乙方因此遭受损失，有权要求甲方承担相应的法律责任。
总结与建议：
合同约定双方签字盖章后生效，若仅盖法人章，合同是否有效需结合具体情况判断。在实际操作中，应充分考虑各种因素以确保合同的合法性和有效性。若对合同效力存在疑问或遇到相关纠纷，可直接向我咨询，我将根据具体情况为你提供专业的法律建议。