结论：夫妻双方都有公司的情况下，一方公司的债务能否起诉对方及对方的公司，需根据债务性质、资金流向、公司性质及夫妻财产约定等多方面因素综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、债务性质与资金流向
个人债务与公司债务的区分：
- 若债务明确属于一方公司的独立债务，且未用于夫妻共同生活或共同经营，则通常不能直接起诉对方个人或对方公司。公司作为独立法人，应以其全部财产承担债务责任。
- 若债务虽以一方公司名义产生，但实际用于夫妻共同生活或共同经营，或另一方公司从中受益，则可能构成夫妻共同债务或关联交易，此时另一方或对方公司可能需承担相应责任。
资金流向的举证：
- 债权人需提供证据证明债务资金的实际流向，如银行转账记录、合同、发票等，以证明债务与另一方或对方公司的关联性。
二、公司性质与夫妻财产约定
公司性质的影响：
- 若一方公司为一人有限责任公司，且不能证明公司财产独立于股东个人财产，则股东可能需对公司债务承担连带责任。此时，若该股东为夫妻一方，且债务与夫妻共同生活或经营相关，则另一方可能需承担共同责任。
- 若公司为有限责任公司或股份有限公司，且股东已履行出资义务，则通常股东仅以其出资额为限承担责任，除非存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务等情形。
夫妻财产约定的影响：
- 若夫妻双方有明确的财产约定，如约定各自财产归各自所有、各自债务各自承担，且该约定已为债权人知晓，则可能影响债务责任的承担。但此类约定不得对抗善意债权人。
三、法律建议与可能后果
法律建议：
- 对于债权人而言，在起诉前应充分收集证据，证明债务与另一方或对方公司的关联性，以及债务资金的实际流向。
- 对于夫妻双方而言，应明确公司债务与个人债务的界限，避免将公司资金用于个人消费或家庭共同生活，以减少法律风险。
- 若涉及复杂债务纠纷，建议及时咨询专业律师，以便制定合适的诉讼策略或防御方案。
可能后果：
- 若债权人成功证明债务与另一方或对方公司的关联性，则可能获得法院支持，要求另一方或对方公司承担相应责任。
- 若债权人无法提供充分证据证明债务关联性，则可能面临败诉风险，无法追究另一方或对方公司的责任。
举例说明：假设夫妻双方分别拥有A公司和B公司，A公司因经营需要向银行贷款100万元。若该贷款资金全部用于A公司的日常经营，且未用于夫妻共同生活或B公司的经营，则银行通常只能起诉A公司要求还款，而不能直接起诉B公司或夫妻另一方。但若银行能证明该贷款资金实际被用于夫妻共同生活或B公司的经营，则可能构成夫妻共同债务或关联交易，此时银行有权要求夫妻另一方或B公司承担相应责任。
总结：夫妻双方都有公司的情况下，一方公司的债务能否起诉对方及对方的公司，需根据具体情况综合判断。如有具体法律问题或需要进一步咨询，请直接向我提问。