超过诉讼时效，法院应驳回诉讼请求，而非驳回起诉。以下是对此问题的详细分析：
一、驳回起诉与驳回诉讼请求的核心区别
驳回起诉：
- 定义：驳回起诉是人民法院在立案后，经过审理发现原告的起诉不符合法律规定的起诉条件时，从程序上予以否定的司法行为。
- 适用情形：主要适用于原告主体不适格、被告不明确、重复起诉等程序性问题。
- 法律后果：案件未进入实体审理阶段，原告需重新准备符合起诉条件的材料后再次起诉。
驳回诉讼请求：
- 定义：驳回诉讼请求是人民法院对原告的实体请求经审理后认为不成立，从实体上对原告的请求予以否定的司法行为。
- 适用情形：主要处理原告与被告之间的实体权利义务问题，如原告主张的权利因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
- 法律后果：案件已进入实体审理阶段，原告的诉讼请求被法院否定，但原告仍可基于其他事实或法律关系再次起诉（如存在新的证据或法律关系变更）。
二、超诉讼时效适用驳回诉讼请求的法律依据及原因
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百九十二条：“诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。”
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院在受理案件后，会对案件进行实体审理，若原告主张的权利因超过诉讼时效而丧失胜诉权，法院将判决驳回诉讼请求。
原因分析：
- 起诉权的保留：起诉是原告的基本权利，只要符合《民事诉讼法》规定的起诉条件，即使超过诉讼时效，人民法院也应当受理。这体现了法律对原告诉权的尊重和保护。
- 胜诉权的丧失：虽然原告可以起诉，但由于超过了诉讼时效，其已经丧失了胜诉权。这意味着，即使原告的起诉被法院受理，其诉讼请求也难以得到法院的支持。
- 法院的裁判原则：如果义务人提出诉讼时效抗辩，且法院经审理认为抗辩事由成立的，将判决驳回权利人的诉讼请求。这表明，法院在处理超过诉讼时效的案件时，会依法对原告的实体权利进行审查，并作出相应的裁判。
- 特殊情况的处理：如果义务人未提出诉讼时效抗辩，法院不得主动适用诉讼时效的规定进行裁判。此时，若权利人的主张有事实和法律依据，法院仍会支持其诉讼请求。这体现了法律的公正性和灵活性。
三、实际应用中的案例与启示
案例：张三于2018年5月借给李四5万元，约定半年还款。2023年6月张三起诉要求还款，李四以超诉讼时效为由抗辩。
裁判结果：法院认定借款事实存在，但因超过3年诉讼时效且李四已行使抗辩权，最终判决驳回张三的诉讼请求。
启示：
- 权利人应当及时行使自己的权利，避免因为超过诉讼时效而丧失胜诉权。
- 义务人也应当积极履行自己的义务，避免因为时效问题而被追究法律责任。
- 在涉及诉讼时，双方都应充分了解相关法律规定，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，超过诉讼时效时，法院应驳回诉讼请求而非驳回起诉。这一规定既体现了法律对原告诉权的尊重和保护，也体现了法律对公平正义的追求和维护。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。