关于商品房买卖合同是否合规由哪个部门回复的问题，我可以明确地告诉你，这主要由住建部门负责处理。下面我为你详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《消费者权益保护法》第三十二条的规定：“各级人民政府工商行政管理部门和其他有关行政部门应当依照法律、法规的规定，在各自的职责范围内，采取措施，保护消费者的合法权益。”
   • 依据部门职责分工，建设行政主管部门负责商品房的销售管理工作。因此，有关商品房销售纠纷，包括买卖合同的合规性问题，由住建部门处理为宜。

2. 实际操作：

   • 如果你对商品房买卖合同存在合规性疑问，或者遇到了相关的纠纷，你可以直接向当地的住建部门咨询或投诉。
   • 住建部门会根据相关的法律法规和政策，对你的问题进行审查和处理，确保你的合法权益得到保护。

综上所述，商品房买卖合同的合规性问题主要由住建部门负责回复和处理。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。