商品房合同违法行为主要由县级以上人民政府工商行政管理部门和其他有关行政主管部门处罚。具体分析如下：

一. 处罚部门

1. 工商行政管理部门：根据相关法律法规，工商行政管理部门负责对商品房合同中的违法行为进行查处，如虚假宣传、不正当竞争等。
2. 其他有关行政主管部门：除了工商行政管理部门，其他如建设、房地产等行政主管部门也可能根据各自职责，对商品房合同中的违法行为进行处罚，如违规销售、未取得预售许可等。

二. 法律依据

• 《合同违法行为监督处理办法》第四条：县级以上人民政府工商行政管理部门和其他有关行政主管部门应当依照法律、行政法规规定的职责，负责监督处理合同违法行为。

例如，如果开发商在商品房合同中进行了虚假宣传，误导了消费者，那么工商行政管理部门就有权对其进行处罚。同样，如果开发商未取得预售许可就进行销售，那么房地产行政主管部门也有权进行处罚。

我建议您在遇到商品房合同违法问题时，及时向相关行政主管部门举报，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。