在有委托书的情况下，法人委托将工程款打入与公司无关人员账户，这一行为可能违反了《支付结算办法》中关于账户使用和资金支付的相关规定，具体可能涉及该办法的第十六条及后续相关条款中关于单位账户使用和资金支付管理的原则性规定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律条款分析
《支付结算办法》的相关规定：
- 第十六条：单位、个人和银行应当按照《银行账户管理办法》的规定开立、使用账户。这一条款确立了账户使用的基本原则，即账户的开立和使用必须遵循相关规定，不得随意变更或滥用。
- 后续条款：虽然《支付结算办法》没有直接规定工程款必须打入公司账户，但根据账户使用的原则性规定，可以推断出，单位账户（包括公司账户）应主要用于本单位的经营活动和资金往来，不得随意将资金支付给与公司无关的个人或单位。
账户使用的合规性：
- 在正常情况下，工程款应直接支付给承包方或相关服务提供商的公司账户，以确保资金的安全和合规性。
- 如果法人委托将工程款打入与公司无关人员账户，这可能被视为账户使用的违规行为，因为这种支付方式可能绕过了公司的财务监管和审批流程，增加了资金被滥用或挪用的风险。
二、可能涉及的法律后果
行政处罚：
- 根据《支付结算办法》的相关规定，银行或相关监管机构可能对违规使用账户的行为进行行政处罚，包括警告、罚款等。
民事责任：
- 如果因违规支付导致公司遭受损失，公司可能要求法人承担民事责任，包括赔偿损失等。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果法人利用职务便利，将工程款非法转移至个人账户并用于个人消费或非法活动，可能构成挪用资金罪等刑事犯罪，将面临刑事追究。
三、建议与措施
审查委托书内容：
- 首先，应审查委托书的具体内容，确认法人是否有权委托支付工程款，以及委托支付的对象和金额等是否明确。
加强内部监管：
- 公司应加强内部财务管理和监管，确保工程款等资金的支付符合相关规定和流程，避免违规支付行为的发生。
及时咨询法律专业人士：
- 如果对账户使用或资金支付存在疑问或担忧，建议及时咨询法律专业人士，以获取专业的法律意见和建议。
综上所述，法人委托将工程款打入与公司无关人员账户的行为可能违反了《支付结算办法》中关于账户使用和资金支付的相关规定。为避免潜在的法律风险和后果，建议公司加强内部监管和合规管理，并在必要时咨询法律专业人士。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。