结论：在综合工时制下，节假日给予三薪（即法定节假日加班工资）的，该加班时间通常不计入综合计算工时制的总工时内，但具体还需根据劳动合同、公司规章制度以及地方性规定来确定。以下从多个角度进行详细分析：

一、综合工时制的基本概念

综合工时制，是指用人单位因生产特点不能实行标准工时制，而采取的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并按照规定支付加班工资。

二、法定节假日加班工资的计算

根据《劳动法》及相关规定，法定节假日是劳动者依法享受的休息日，用人单位在法定节假日安排劳动者工作的，应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，即通常所说的“三薪”。这一规定是强制性的，不受工时制度（标准工时制、综合工时制、不定时工时制）的限制。

三、综合工时制下节假日三薪与工时的关系

1. 不计入总工时：在综合工时制下，法定节假日的加班时间通常不计入综合计算周期内的总工时内。这是因为法定节假日是劳动者依法享受的休息日，其加班工资是额外支付的，不涉及工时的累积或抵扣。

2. 劳动合同与规章制度：然而，具体是否计入总工时还需根据劳动合同、公司规章制度以及地方性规定来确定。有些用人单位可能在劳动合同或规章制度中明确规定，法定节假日的加班时间不计入综合计算周期内的总工时；而有些用人单位则可能没有明确规定，或者规定与法律法规相冲突。在这种情况下，应以法律法规为准。

3. 地方性规定：此外，不同地区可能对综合工时制下的节假日加班工资和工时计算有具体的规定。因此，在处理具体问题时，还需参考当地的相关规定。

四、建议与注意事项

1. 查阅劳动合同与规章制度：劳动者在遇到此类问题时，应首先查阅自己的劳动合同和公司的规章制度，了解公司对于综合工时制下节假日加班工资和工时计算的具体规定。

2. 咨询当地劳动部门：如果劳动合同和规章制度中没有明确规定，或者规定与法律法规相冲突，劳动者可以咨询当地的劳动部门或劳动监察机构，以获取更准确的解答和指导。

3. 保留证据：在处理此类问题时，劳动者应保留好相关的证据，如加班记录、工资单等，以便在需要时维护自己的合法权益。

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