结论：有证据证明上班了但没有打卡，是否能取消当天考勤，这主要取决于公司的规章制度以及相关证据的充分性。一般情况下，如果公司规章制度允许且员工能提供充分证据，则可能不被取消考勤；反之，则可能面临考勤被取消的风险。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度明确规定：
- 如果公司的规章制度中明确规定了考勤打卡的具体要求，并且明确指出未打卡将视为缺勤或旷工，那么即使员工有证据证明自己实际上班了，也可能因为违反规章制度而面临考勤被取消的风险。不过，在这种情况下，员工可以尝试与公司协商，提供证据以证明自己的出勤情况，看是否能够得到公司的理解和宽容处理。
规章制度未明确规定或存在漏洞：
- 如果公司的规章制度中并未明确规定未打卡就一定视为缺勤或旷工，或者规章制度存在漏洞，那么员工在提供充分证据证明自己实际上班了的情况下，更有可能争取到不被取消考勤的结果。此时，公司可能会根据实际情况和员工的证据进行灵活处理。
二、证据充分性的角度
证据充分且确凿：
- 如果员工能够提供充分且确凿的证据证明自己实际上班了，比如工作记录、同事证言、监控录像等，那么这些证据将有助于员工争取到不被取消考勤的结果。公司在进行考勤管理时，应当遵循公平、公正、合理的原则，不能仅凭打卡记录就轻易判定员工缺勤或旷工。
证据不足或存在争议：
- 如果员工提供的证据不足或存在争议，那么公司可能更倾向于依据打卡记录来判定员工的出勤情况。在这种情况下，员工可能会面临考勤被取消的风险。因此，员工在提供证据时，应当尽量确保证据的充分性和确凿性。
三、实际操作建议
了解公司规章制度：
- 员工在入职时应当仔细阅读公司的规章制度，了解考勤管理的具体要求。如果规章制度中存在不明确或不合理的地方，员工可以及时向公司提出意见或建议。
保留证据：
- 员工在日常工作中应当注意保留能够证明自己出勤情况的证据，比如工作记录、同事证言、监控录像等。这些证据在关键时刻可能起到至关重要的作用。
与公司协商：
- 如果员工因为未打卡而面临考勤被取消的风险，可以尝试与公司进行协商。在协商过程中，员工可以提供证据以证明自己的出勤情况，并请求公司给予理解和宽容处理。
寻求法律援助：
- 如果员工与公司之间的协商未能达成一致意见，或者员工认为公司的处理方式侵犯了自己的合法权益，那么员工可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。
最后，有证据证明上班了但没有打卡是否能取消当天考勤，并没有一个固定的答案。它取决于公司的规章制度、证据的充分性以及实际操作中的具体情况。因此，员工在遇到这种情况时，应当根据自己的实际情况和公司的规章制度来灵活应对，并尽可能保留和提供充分的证据来证明自己的出勤情况。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。