结论前置：灵活用工协议没有备案，通常不会影响应届生的身份。以下从多个角度进行详细分析：
一、应届生身份的认定标准
应届生身份的认定，主要依据的是毕业生的毕业时间以及是否签订正式的劳动合同或缴纳社会保险。一般来说，应届生指的是在应该毕业的年份即将毕业或者已经毕业的学生，且在毕业后的两年内（部分地区可能有所不同）未签订正式劳动合同、未缴纳社会保险的，仍可视为应届生。这一身份的认定，与是否签订灵活用工协议以及该协议是否备案无直接关联。
二、灵活用工协议的性质与备案要求
灵活用工协议，通常是一种非全日制的、灵活的用工形式，它不同于传统的全日制劳动合同。灵活用工协议的备案，并非法律强制要求，而是根据地方政策或企业内部管理需要进行的。因此，即使灵活用工协议没有备案，也不会影响其本身的法律效力，更不会因此改变毕业生的应届生身份。
三、可能影响应届生身份的因素
虽然灵活用工协议的备案与否不影响应届生身份，但以下因素可能会影响：
签订正式劳动合同：如果毕业生在毕业后签订了正式的劳动合同，并开始缴纳社会保险，那么其应届生身份可能会受到影响。因为这通常意味着毕业生已经正式进入了职场，不再属于应届生的范畴。
缴纳社会保险：社会保险的缴纳也是判断应届生身份的一个重要因素。一旦毕业生开始缴纳社会保险，就意味着其已经与用人单位建立了正式的劳动关系，从而可能失去应届生的身份。
四、建议与注意事项
了解地方政策：不同地区对于应届生身份的认定可能存在差异，因此建议毕业生在求职前了解清楚当地的相关政策。
谨慎签订合同：在签订任何形式的用工协议或劳动合同时，都应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到保障。特别是对于应届生来说，要特别注意合同中关于身份认定、社会保险缴纳等方面的条款。
咨询专业人士：如果对于应届生身份的认定或灵活用工协议等方面存在疑问，建议咨询专业的法律人士或人力资源专家，以获取更准确、更全面的信息。
综上所述，灵活用工协议没有备案，通常不会影响应届生的身份。但毕业生在求职过程中仍需谨慎对待合同签订和社会保险缴纳等问题，以确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。