违纪款不交，公司是否会扣工资，这取决于公司的规章制度以及相关法律法规的规定，不能一概而论。以下从几个方面进行详细分析：
公司规章制度：
- 如果公司有明确的规章制度，规定员工因违纪需要缴纳违纪款，并且明确指出不缴纳违纪款将扣除工资，那么在这种情况下，公司是有可能根据规章制度扣除员工工资的。但前提是，该规章制度必须合法合规，且已经向员工进行了公示或告知。
- 如果公司规章制度中没有明确规定不缴纳违纪款将扣除工资，或者该规章制度本身存在违法违规之处（如未经民主程序制定、未向员工公示等），那么公司就不能以此为由扣除员工工资。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司扣除员工工资必须基于合法、合理的原因，并且扣除的金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 如果公司以员工不缴纳违纪款为由扣除工资，但这一行为并不符合法律法规的规定（如扣除金额过高、扣除后工资低于最低工资标准等），那么员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
实际操作建议：
- 对于员工而言，如果公司要求缴纳违纪款，首先应当了解该款项的性质、金额以及缴纳依据是否合法合规。如果认为公司的要求不合理或违法，可以与公司进行沟通协商，或者向劳动监察部门投诉。
- 对于公司而言，在制定规章制度时应当确保合法合规，并且明确告知员工相关条款。在处理员工违纪问题时，应当遵循法律法规的规定，不得随意扣除员工工资或采取其他不当措施。
总结来说，违纪款不交是否会扣工资，需要看公司的规章制度以及相关法律法规的规定。如果公司规章制度合法合规且明确规定了不缴纳违纪款将扣除工资，那么公司有可能扣除；但如果规章制度不合法或未明确规定，或者扣除行为违反了法律法规的规定，那么员工就有权维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。