历史遗留违章建筑一般不可以作为合法不动产进行起诉，但具体情况需结合违章建筑的处理状态和相关法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、违章建筑的法律性质
违章建筑，通常指的是未经规划、建设等行政主管部门批准，或违反批准内容建设的建筑物、构筑物。根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，违章建筑因其违反了法律强制性规定，一般不被认定为合法财产，无法取得合法的产权证书，因此在法律上难以享有完整的物权保护。
二、违章建筑与不动产起诉的关系
起诉的前提是合法权益受到侵害：在民事诉讼中，起诉的前提是原告认为自己的合法权益受到了侵害。对于违章建筑而言，由于其本身不合法，因此其“权益”难以被认定为法律上的合法权益。所以，一般情况下，不能基于违章建筑本身提起诉讼，要求确认其产权或进行其他物权保护。
特殊情况下的处理：虽然违章建筑本身不合法，但在某些特殊情况下，如违章建筑被拆除后，原建设者或使用者可能因拆除行为遭受了损失，此时可以基于损失赔偿等理由提起诉讼。但这种诉讼并非基于违章建筑本身的产权，而是基于拆除行为造成的损失。
三、违章建筑的处理方式
对于历史遗留的违章建筑，相关部门通常会根据具体情况采取不同的处理方式：
责令限期拆除：对于严重影响城市规划、公共安全等情形的违章建筑，相关部门会责令限期拆除，并恢复原状。
罚款并补办手续：对于情节较轻、不影响城市规划等情形的违章建筑，相关部门可能会处以罚款，并要求补办相关手续，使其合法化。但这种情况下的合法化是有条件的，且并非所有违章建筑都能通过补办手续变得合法。
没收实物或违法收入：对于无法补办手续或情节严重的违章建筑，相关部门可能会没收其实物或违法收入。
四、法律建议
了解违章建筑的具体情况：在涉及历史遗留违章建筑的问题时，首先需要了解该建筑的具体情况，包括建设时间、建设目的、是否经过相关部门批准等。这些信息对于判断违章建筑的法律性质和处理方式至关重要。
咨询专业律师：由于违章建筑问题的复杂性，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据具体情况分析违章建筑的法律性质、处理方式以及可能面临的法律风险，并为您提供相应的法律策略。不过，在这里你可以直接向我提问，我会为你提供专业的法律咨询。
遵守法律法规：在处理历史遗留违章建筑问题时，务必遵守相关法律法规和政策规定。不要试图通过非法手段来维护或争取所谓的“权益”，以免陷入更大的法律风险。
综上所述，历史遗留违章建筑一般不可以作为合法不动产进行起诉。在处理这类问题时，需要了解违章建筑的具体情况、咨询专业律师并遵守相关法律法规和政策规定。