核心结论：离职一年后原公司查账发现5万多差异，您已补上该款项后，是否还需赔偿需视具体情况而定，主要取决于差异的性质、公司规章制度以及您与公司之间的约定。以下从几个方面进行详细分析：

1. 差异性质：

   • 非故意行为：如果这5万多的差异是由于您在工作中的疏忽或无意中的错误导致的，且您在发现后已经积极补上，那么通常情况下，您不需要再承担额外的赔偿责任。因为您的行为并非故意，且已经采取了补救措施。
   • 故意行为：如果差异是由于您故意隐瞒、挪用或侵占公司财产导致的，那么即使您已经补上了款项，公司仍然有权要求您承担相应的法律责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。此外，这种行为还可能构成犯罪，如职务侵占罪，您可能会面临刑事处罚。

2. 公司规章制度：

   • 规章制度内容：您需要查看公司的规章制度中是否有关于员工因工作失误导致公司财产损失的处理规定。如果规章制度中明确规定了员工需要承担赔偿责任的情况和标准，那么您可能需要按照规章制度的规定来承担责任。
   • 规章制度合法性：同时，您还需要确认公司的规章制度是否合法有效。如果规章制度违反了法律法规的强制性规定，或者未经民主程序制定、未向员工公示等，那么该规章制度可能对您不产生约束力。

3. 与公司之间的约定：

   • 劳动合同或协议：您还需要查看与公司的劳动合同或相关协议中是否有关于此类情况的约定。如果合同或协议中有明确规定，那么您需要按照约定来承担责任。
   • 协商解决：如果合同或协议中没有明确规定，或者规定不明确，您可以与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。

法律建议：

• 保留证据：无论差异的性质如何，您都应该保留好与补上款项相关的所有证据，如转账记录、收据等，以备不时之需。
• 咨询专业意见：如果您对是否需要赔偿存在疑问，或者公司提出了不合理的赔偿要求，您可以咨询专业的劳动法律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
• 积极沟通：与公司保持积极沟通，说明情况，寻求双方都能接受的解决方案，避免不必要的法律纠纷。

可能法律后果：

• 如果无需赔偿：您无需承担额外的赔偿责任，但可能需要接受公司的内部处理，如警告、记过等。
• 如果需要赔偿：您可能需要按照公司规章制度或合同约定承担赔偿责任。如果公司提起诉讼，您还可能需要承担诉讼费用等额外支出。在极端情况下，如果您的行为构成犯罪，您还可能面临刑事处罚。

总之，离职一年后原公司查账发现差异并已补上款项后是否还需赔偿，需视具体情况而定。建议您根据上述分析，结合自己的实际情况，采取相应的措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。