针对员工总是借口身体不适迟到早退的问题，企业可以采取以下措施来应对：

1. 完善考勤管理制度：

   • 企业应制定明确、具体的考勤管理制度，包括上下班时间、迟到早退的定义、处罚措施等。制度应详细且具有可操作性，以便员工清楚了解并遵守。
   • 考勤制度中应明确规定，员工因身体不适需要请假或调整工作时间的，应提前向直属上级或人力资源部门申请，并提供相应的医疗证明。未经批准擅自迟到早退的，将按照制度规定进行处罚。

2. 加强沟通与了解：

   • 企业应与员工进行定期的沟通，了解员工的工作状态和身体状况。对于经常借口身体不适的员工，可以与其进行一对一的谈话，了解其具体原因和困难。
   • 如果员工确实存在身体不适的情况，企业应考虑提供必要的支持和帮助，如调整工作时间、安排适当的休息等。同时，也可以建议员工及时就医，确保身体健康。

3. 核实医疗证明的真实性：

   • 对于员工提供的医疗证明，企业应进行核实。可以要求员工提供正规的医疗机构出具的证明，并可以通过电话或网络查询证明的真实性。
   • 如果发现员工提供的医疗证明存在虚假情况，企业应按照考勤管理制度进行严肃处理，以维护制度的严肃性和公平性。

4. 依法处理违规行为：

   • 如果员工经常借口身体不适迟到早退，且经核实后确实存在违规行为，企业应按照考勤管理制度进行处罚。处罚措施可以包括警告、罚款、扣减奖金、降职降薪等，具体根据违规情节的严重程度来决定。
   • 在处理违规行为时，企业应确保程序合法合规，避免侵犯员工的合法权益。同时，也应做好记录和存档工作，以备后续需要。

5. 考虑解除劳动合同：

   • 如果员工经常借口身体不适迟到早退，且经多次警告和处罚后仍不改正，严重影响了企业的正常运营和工作秩序，企业可以考虑依据《劳动合同法》的相关规定，与员工解除劳动合同。
   • 在解除劳动合同前，企业应确保已经履行了必要的程序和义务，如提前通知员工、支付经济补偿等。同时，也应做好相关证据的收集和保存工作，以应对可能的劳动争议。

法律背景与建议：

• 根据《劳动合同法》的相关规定，员工严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。因此，企业应确保考勤管理制度的合法性和合理性，并在处理违规行为时遵循法定程序。
• 在处理员工借口身体不适迟到早退的问题时，企业应注重证据的收集和保存。包括考勤记录、医疗证明、谈话记录等，以便在需要时提供有力的证据支持。
• 企业也应关注员工的心理健康和身体健康状况，提供必要的支持和帮助。通过加强员工关怀和福利措施，提高员工的工作满意度和归属感，从而减少类似问题的发生。

可能法律后果：

• 如果企业未按照法定程序处理员工的违规行为，或者侵犯了员工的合法权益，员工可能会向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。这将给企业带来不必要的法律风险和成本。
• 因此，企业在处理员工借口身体不适迟到早退的问题时，应确保程序合法合规，并注重与员工的沟通和协商。通过合法合规的方式解决问题，维护企业的正常运营和工作秩序。

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