针对员工老是早退的问题，这确实是一个需要细致处理的管理挑战。首先，要明确的是，员工按时上下班是基本的职业要求，也是公司规章制度的重要组成部分。对于早退行为，公司有权依据既定制度进行处理，但处理方式必须合法且合理。
一、制度明确与沟通
制度明确：公司应确保《员工手册》或相关规章制度中明确规定了早退的定义、次数限制以及相应的处罚措施。例如，可以设定“年度累计迟到、早退达一定次数（如6次）及以上者，属于严重违反公司劳动纪律，将给予开除处理”等条款。
沟通确认：新员工入职时，应要求其签字确认愿意遵守公司制度，并对其进行相关培训，确保其对早退等规定有清晰的认识。
二、处理流程的合理性
记录与核实：对于员工的早退行为，公司应有明确的记录方式，如通过打卡系统、监控录像等。在处理前，应核实早退的事实和次数，确保处理的准确性。
逐步处理：对于早退行为，公司不应一开始就采取最严厉的处罚措施。可以先进行口头警告、书面警告等逐步升级的处理方式，给员工改正的机会。
及时反馈：公司应按月审查员工的出勤情况，并及时向员工反馈。如果员工有早退行为，应及时提出整改要求或进行处罚，而不是在最后一次性提出，这样显得处理不当且缺乏合理性。
三、具体案例分析
以您提供的案例为例，武汉某科技公司因员工陈某多次早退1分钟而将其开除，但法院最终判决公司违法解除劳动合同。这是因为：
早退认定的合理性：法院认为，以提前1分钟离开工位认定为“早退”明显欠缺合理性。公司应设定更合理的早退时间界限，如提前10分钟或更长时间离开工位才视为早退。
处理程序的合理性：公司在处理陈某的早退行为时，未按月审查其出勤情况，也未及时提出整改或进行处罚，而是在最后一次性发出解除通知，这显得处理程序不当。
四、建议措施
完善制度：公司应重新审视并完善《员工手册》中关于早退的规定，确保制度的合法性和合理性。
加强培训：定期对员工进行规章制度培训，提高其对早退等规定的认识。
优化处理流程：建立逐步升级的处理流程，确保对早退行为的处理既严格又合理。
加强沟通：与员工保持良好沟通，及时反馈其出勤情况，鼓励其改正早退行为。
综上所述，处理员工早退问题需要公司制度明确、处理流程合理，并与员工保持良好沟通。只有这样，才能既维护公司的规章制度，又保障员工的合法权益。