在涉及有提成工资的情况下确定加班工资，我们需要综合考虑多个因素，包括法律法规、劳动合同的约定以及员工的实际收入构成。以下是一个详细且条理清晰的解答：

一、加班工资的计算基数

1. 基本原则：

   • 加班工资的计算通常基于员工的“正常工作时间工资”，这一般包括基本工资、岗位工资等固定收入部分。
   • 提成工资，由于其性质属于非常规性、与业绩挂钩的收入，通常不直接纳入加班工资的计算基数。

2. 具体确定方式：

   • 有明确约定：如果劳动合同中明确规定了加班工资的计算基数，且该基数不低于当地最低工资标准，那么应按照这个约定来执行。
   • 无明确约定：如果劳动合同中没有明确约定，那么通常以员工正常工作时间的工资（即基本工资等固定部分）作为加班工资的计算基数。

二、加班工资的计算方法

加班工资的计算需要根据加班的类型（平时加班、休息日加班、法定节假日加班）来分别进行，并按照相应的倍数支付。

1. 平时加班：

   • 支付不低于工资的150%的加班工资。
   • 计算公式：加班工资 = 计算基数 ÷ 月计薪天数 ÷ 8 × 加班小时数 × 150%。

2. 休息日加班且不能补休：

   • 支付不低于工资的200%的加班工资。
   • 计算公式：加班工资 = 计算基数 ÷ 月计薪天数 × 加班天数 × 200%（或按小时计算）。

3. 法定节假日加班：

   • 支付不低于工资的300%的加班工资。
   • 计算公式：加班工资 = 计算基数 ÷ 月计薪天数 × 加班天数 × 300%（或按小时计算）。

三、提成工资与加班工资的特殊关系

1. 提成工资的性质：

   • 提成工资是基于员工的工作业绩给予的奖励性报酬，具有不确定性和浮动性。

2. 特殊情况考虑：

   • 如果提成工资的计算方式中已经明确包含了加班工作的补偿，并且用人单位能够提供充分证据证明这一点，那么在计算加班工资时可能需要综合考虑这部分提成。
   • 然而，在大多数情况下，提成工资并不直接作为加班工资的计算基数，除非有特别约定或能证明提成中已包含加班补偿。

四、注意事项

1. 个人所得税：

   • 加班工资需要缴纳个人所得税，并计入员工的工资总额进行合并计算。

2. 劳动合同与公司政策：

   • 如果劳动合同或公司政策中有关于加班工资的明确规定，那么应按照这些规定来执行。

3. 证据保留：

   • 劳动者应保留好加班的相关证据，如加班记录、工作邮件等，以便在需要时维护自己的合法权益。

综上所述，对于有提成工资的员工来说，加班工资的计算应基于其正常工作时间的工资（即基本工资等固定部分），并根据加班的类型和时长按照相应的倍数进行支付。同时，也需要关注提成工资与加班工资之间的特殊关系以及相关的注意事项。