结论：在租赁合同中存在土地使用权纠纷，且法院已依据合同判决土地归属的情况下，您仍然有可能申请土地使用权的相关确认或变更，但具体能否成功需视判决内容、土地性质、法律规定及实际情况而定。以下从多个角度为您详细分析：
一、法院判决的效力与土地使用权归属
判决的既判力：法院作出的判决，一旦生效，即具有既判力，意味着该判决对双方当事人具有法律上的约束力，非经法定程序不得随意变更或撤销。若法院已明确判决土地归属，则该判决是确定土地使用权归属的重要依据。
判决内容与土地使用权：然而，判决内容需具体分析。若判决仅是基于租赁合同关系，对土地使用权的归属作出了认定，但并未涉及土地权属的实质性变更（如土地所有权或使用权的登记变更），则该判决可能并不直接导致土地使用权的实际转移。此时，若您认为判决有误或存在其他合法理由，仍有可能通过法律途径申请重新确认土地使用权。
二、土地使用权的申请与变更
申请条件：根据《土地管理法》等相关法律法规，土地使用权的申请与变更需符合一定的条件，如土地用途、规划、权属清晰等。若您希望申请土地使用权，需确保符合这些条件，并准备相应的申请材料。
申请程序：申请土地使用权通常需向当地土地管理部门提交申请，并经过审核、公示等程序。若涉及土地权属的变更，还需办理相关的权属变更登记手续。
三、可能面临的法律障碍与解决方案
判决的阻碍：若法院判决已明确土地归属，且该判决已生效，则您在申请土地使用权时可能面临判决的阻碍。此时，您需仔细分析判决内容，确定是否存在申请再审或提起其他法律程序的可能性。
其他合法理由：除判决外，若您存在其他合法理由（如土地权属存在争议、原判决存在错误等），仍有可能通过法律途径申请重新确认土地使用权。例如，您可以提起民事诉讼，请求法院确认土地使用权归属；或者向相关部门申请行政复议或行政诉讼，挑战土地管理部门的行政行为。
四、实际操作建议
咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，建议您咨询专业律师，以便更准确地了解您的法律权益和可能的法律途径。律师可以根据您的具体情况，为您提供个性化的法律建议和解决方案。
收集证据材料：无论您选择哪种法律途径，都需要收集充分的证据材料来支持您的主张。这可能包括租赁合同、土地权属证明、法院判决文书、相关法律法规等。
谨慎行事：在处理土地使用权纠纷时，请务必谨慎行事，避免采取过激或违法的行为。尊重法律程序和法院判决，通过合法途径维护自己的权益。
最后，若您在租赁合同中存在土地使用权纠纷，且法院已依据合同判决土地归属，但您仍有申请土地使用权的需求或疑问，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和解决方案。