结论：通过虚开发票的方式职务侵占，扣除的税点应当追缴，并且相关行为人还需承担相应的法律责任。以下从多个角度进行详细分析：
一、虚开发票与职务侵占的法律性质
虚开发票：根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关规定，虚开发票是指为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，或者让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，或者介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票的行为。虚开发票是违法行为，不仅扰乱了税收征管秩序，还可能造成国家税款的流失。
职务侵占：职务侵占是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。职务侵占同样是一种违法行为，侵犯了单位的财产权。
二、扣除税点的追缴问题
税点的本质：税点，通常指的是在交易过程中，由买方或卖方承担的税费比例或金额。在正常的商业交易中，税点是根据税法规定和交易双方协商确定的。然而，在虚开发票的情况下，税点往往被用于掩盖非法交易或侵占单位财物的目的。
追缴的必要性：当通过虚开发票的方式进行职务侵占时，扣除的税点实际上是对单位财物的非法侵占和转移。这部分税点不仅属于单位应得的财产，而且其流失也直接导致了单位财产的减少。因此，从保护单位财产权和维护税收征管秩序的角度出发，扣除的税点应当被追缴。
追缴的法律依据：根据《中华人民共和国刑法》等相关规定，对于虚开发票和职务侵占的行为，不仅应当追究行为人的刑事责任，还应当追缴其违法所得。这里的违法所得，就包括了通过虚开发票方式职务侵占所扣除的税点。
三、相关法律责任
刑事责任：对于虚开发票和职务侵占的行为人，如果其行为构成犯罪，将依法追究其刑事责任。根据犯罪情节的严重程度，行为人可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。
行政责任：即使行为人的行为不构成犯罪，也可能面临行政处罚。例如，税务机关可以对虚开发票的行为人进行罚款、没收违法所得等行政处罚。
民事责任：如果行为人的行为给单位造成了经济损失，单位还有权要求行为人承担民事赔偿责任。这包括赔偿单位因虚开发票和职务侵占行为所遭受的直接经济损失和间接经济损失。
四、实际操作建议
加强内部管理：单位应当加强内部管理，建立健全的财务管理制度和内部控制机制，防止类似虚开发票和职务侵占行为的发生。
及时报案：一旦发现虚开发票和职务侵占行为，单位应当及时向公安机关报案，并配合公安机关的调查工作。
寻求法律帮助：在处理此类案件时，单位可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自身的合法权益。
总结：通过虚开发票的方式职务侵占，扣除的税点应当追缴，并且相关行为人还需承担相应的法律责任。单位应当加强内部管理，及时报案并寻求法律帮助，以维护自身的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。