结论：在起诉立案后，即使没有结清证明但钱已还完，被告一般不能直接撤诉，撤诉的决定权在原告手中。不过，被告可以通过积极与原告沟通、提供还款证据等方式，促使原告撤诉。
分析说明：
撤诉的决定权在原告：
- 在民事诉讼中，撤诉是原告的一项权利，原告有权在案件审理过程中，根据自己的意愿决定是否继续诉讼或撤回起诉。因此，即使被告已经还清了债务，但如果没有原告的同意，被告不能直接要求撤诉。
被告可采取的措施：
- 积极沟通：被告可以主动与原告联系，说明债务已经清偿的情况，并提供相应的还款证据，如转账记录、收条等，以证明债务确实已经结清。
- 提供证据：被告应收集并整理好所有与还款相关的证据，以便在需要时向法院提交，证明债务已经清偿，从而促使原告考虑撤诉。
- 等待法院判决或调解：如果原告坚持不撤诉，被告可以等待法院的判决或调解。在法院审理过程中，被告可以提出债务已经清偿的抗辩，并提供相关证据。如果法院认定债务确实已经清偿，可能会判决驳回原告的诉讼请求或促成双方调解。
特殊情况下的处理：
- 如果被告在还款后，原告仍然坚持不撤诉，并且被告认为原告的起诉存在恶意或滥用诉讼权利的情况，被告可以向法院提出反诉或申请法院对原告的起诉进行审查。不过，这种情况相对较少见，且需要具体的证据支持。
行动建议：
- 保留证据：被告应妥善保留所有与还款相关的证据，包括转账记录、收条、聊天记录等，以备不时之需。
- 及时沟通：在发现债务已经清偿后，被告应尽快与原告沟通，说明情况并提供证据，以促使原告撤诉。
- 寻求法律帮助：如果被告在处理过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，原告有权在案件审理过程中撤回起诉，但撤诉需经法院审查并符合法律规定。被告作为诉讼的另一方，虽然不能直接决定撤诉，但可以通过提供证据和积极沟通等方式影响原告的决定。