科研经费虚开发票属于违法行为，需承担行政责任、刑事责任，并面临信用惩戒与内部纪律处分，具体处理方式如下：

1. 行政责任
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，虚开发票（包括为他人、为自己、让他人为自己或介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票）的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。科研经费虚开发票若未达刑事立案标准，将首先面临行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。

2. 刑事责任
   若虚开发票行为符合《中华人民共和国刑法》第二百零五条规定的虚开增值税专用发票罪或虚开发票罪构成要件（如虚开税款数额较大、造成国家税款损失等），将面临刑事追责。具体量刑标准为：

   • 虚开税款数额10万元以上或造成国家税款损失5万元以上的，处三年以下有期徒刑或拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；
     
   • 虚开税款数额50万元以上或造成国家税款损失30万元以上的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；
     
   • 数额特别巨大或情节特别严重的（如虚开税款数额250万元以上或造成国家税款损失150万元以上），处十年以上有期徒刑或无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或没收财产。
     科研经费虚开发票若涉及增值税专用发票或造成重大税款损失，可能直接触发刑事立案，需承担严厉的刑事责任。

3. 信用惩戒与行业限制
   根据《重大税收违法失信主体信息公布管理办法》，虚开发票行为被认定为重大税收违法失信案件的，失信主体信息将纳入税收违法“黑名单”，向社会公布，并实施联合惩戒措施，包括限制政府采购、工程招投标、取得政府供应土地、金融融资、参与政府投资项目等。科研人员或单位若被列入失信名单，将严重影响其科研资质、项目申报及行业声誉。

4. 内部纪律处分与项目追责
   若虚开发票行为发生在科研机构、高校或企业内部，除面临外部法律制裁外，还可能触发内部纪律处分，如警告、记过、降级、撤职、开除等；若涉及科研项目经费，项目承担单位需根据《国家科技计划项目管理办法》等规定，追回违规使用的经费，并可能被取消项目申报资格、限制后续科研活动。

建议：科研经费管理需严格遵守《中华人民共和国预算法》《国家科研经费管理办法》等法规，确保发票真实、合法、关联。若已发生虚开发票行为，应立即停止违法行为，主动向税务机关或项目主管部门说明情况，配合调查并补缴税款，争取从轻或减轻处罚。如有进一步法律问题，可直接向我咨询。