结论：公司将医疗期结束拒绝配合劳动能力鉴定列为严重违纪的规章制度，其合法性及有效性需根据具体内容、制定程序及是否违反法律法规来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

一、规章制度合法性的基本判断标准

1. 内容合法性：规章制度的内容必须符合国家法律法规的规定，不得与法律法规相抵触。如果规章制度中将医疗期结束拒绝配合劳动能力鉴定直接列为严重违纪，但并未明确该行为的具体危害性或违反了哪项法律法规，那么该条款可能因内容不明确或缺乏法律依据而被认定为无效。

2. 制定程序合法性：规章制度的制定必须遵循民主程序，即应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果公司在制定规章制度时未遵循这一程序，那么该规章制度可能因程序违法而被认定为无效。

二、具体情境下的合法性分析

1. 若规章制度内容明确且程序合法：

   • 如果规章制度中明确规定了医疗期结束拒绝配合劳动能力鉴定的行为属于严重违纪，并且该规定的内容不违反国家法律法规，同时制定程序也符合民主程序的要求，那么该规章制度是合法有效的。在这种情况下，公司有权依据规章制度对拒绝配合劳动能力鉴定的员工进行纪律处分。

2. 若规章制度内容不明确或程序不合法：

   • 如果规章制度中的相关条款内容模糊、不明确，或者未明确说明该行为为何构成严重违纪，或者制定程序未遵循民主程序的要求，那么该规章制度可能因内容不明确或程序违法而被认定为无效。在这种情况下，公司不能依据该规章制度对员工进行纪律处分。

三、劳动能力鉴定的法律意义

劳动能力鉴定是确定员工因工伤或职业病导致的劳动功能障碍程度和生活自理障碍程度的重要依据。对于医疗期结束的员工，进行劳动能力鉴定有助于明确其是否能够继续从事原工作或者需要调整工作岗位，以及是否需要享受相应的工伤保险待遇。因此，员工有义务配合进行劳动能力鉴定。

四、建议

1. 对于公司：

   • 在制定规章制度时，应确保内容明确、具体，且不违反国家法律法规。
   • 遵循民主程序制定规章制度，确保员工的知情权和参与权。
   • 在规章制度中明确规定员工有义务配合进行劳动能力鉴定，并说明拒绝配合的后果。

2. 对于员工：

   • 应了解并遵守公司的规章制度，积极配合进行劳动能力鉴定。
   • 如果对规章制度有异议或认为其侵犯了自己的合法权益，可以通过合法途径进行维权。

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