关于“不能同时收取履约保证金和质保金是不在同时收取还是只要时间不同就行”的问题，我们需要从履约保证金和质保金的定义、性质、功能以及合同约定和法律分析等多个方面来详细阐述。
首先，履约保证金和质保金在合同履行过程中各自具有独立的性质和功能。履约保证金是承包人为担保合同的全面履行而提供的一种金钱担保，其主要作用是降低发包人的风险，确保承包人按约履行义务。而质保金则是发包人从应付工程款中预留的一部分资金，用于保证承包人在保修期内对工程出现的质量问题进行维修，其主要作用是确保工程质量。
接下来，我们分析两者是否可以同时收取或扣除的问题：
一般原则：
- 由于履约保证金和质保金在性质和功能上的不同，它们通常不可以同时被扣除或收取（这里的“同时”指的是在同一时间点或同一违约情形下）。这是因为两者的目的和用途是不同的，履约保证金关注的是合同履行过程，而质保金关注的是保修期内的质量问题。
特定情况：
- 然而，在特定情况下，若合同中有明确且合法的约定，两者可以同时被扣除或收取（但这里的“同时”并非单纯指时间上的同时，而是指在满足特定条件或违约情形下）。例如，合同可能规定，在承包人严重违约且工程存在重大质量问题时，发包人有权同时扣除履约保证金和质保金以补偿损失。但这样的约定必须遵循公平、合理、合法的原则，扣除金额不得明显过高，超过实际损失。
合同约定的重要性：
- 合同是双方权利义务的法律依据，因此，在签订合同时，双方应明确履约保证金和质保金的具体数额、扣除条件及退还方式。如果合同中有关于同时扣除或收取的条款，该条款必须清晰、明确，且符合法律法规的强制性规定。
实际操作建议：
- 在实际操作中，发包人和承包人应严格遵循合同约定及法律规定，确保双方的权益得到妥善保护。如果发生争议，应首先依据合同约定进行处理；若合同无明确约定或约定不合法，则应遵循相关法律法规进行裁决。
综上所述，不能同时收取履约保证金和质保金并非单纯指时间上的不同，而是指在同一时间点或同一违约情形下通常不应同时扣除或收取。但在特定情况下，若合同中有明确且合法的约定，两者可以同时被扣除或收取（满足特定条件或违约情形下）。因此，在实际操作中，双方应明确合同条款，并遵循公平、合理、合法的原则进行处理。