结论：在对方全责、我方次责且我方手术恢复期长的情况下，您可以通过与对方协商、申请调解或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益，确保获得合理的赔偿。以下是一些具体的分析和建议：
一、责任划分与赔偿原则
- 责任划分：根据您描述的情况，对方承担事故的全部责任，而我方承担次要责任。但在实际赔偿中，由于对方全责，其应承担主要的赔偿责任。不过，若我方存在某些过错（如未遵守交通规则等），可能会在一定程度上减轻对方的赔偿责任，但具体减轻比例需根据实际情况和证据来确定。
- 赔偿原则：赔偿应遵循“全面赔偿”原则，即赔偿范围应包括因事故导致的所有直接和间接损失，如医疗费、误工费、护理费、营养费、交通费等。对于您手术恢复期长的情况，相关的医疗费用、误工费用等均应纳入赔偿范围。
二、具体赔偿项目与计算
- 医疗费：包括手术费、药费、检查费等因治疗而产生的所有费用。您应保留好所有医疗发票和费用清单，以便在索赔时提供证明。
- 误工费：根据您因手术恢复期长而无法工作的时间，以及您的收入情况来计算。计算公式为：误工费 = 误工时间 × 收入标准。若您有固定收入，则按实际减少的收入计算；若无固定收入，则可参照当地同行业或相近行业上一年度职工的平均工资计算。
- 护理费：若您在手术恢复期间需要专人护理，则护理费也应纳入赔偿范围。护理费的计算可根据护理人员的收入情况和护理时间来确定。
- 营养费：根据您的伤情和医生的建议，若需要加强营养以促进恢复，则营养费也应得到赔偿。营养费的计算一般可参照当地的生活水平或医生的建议来确定。
- 交通费：因就医或转院治疗而产生的交通费用，也应得到赔偿。您应保留好所有交通票据，以便在索赔时提供证明。
三、解决途径与建议
- 与对方协商：首先，您可以尝试与对方进行协商，看是否能够就赔偿事宜达成一致。在协商过程中，您可以明确列出自己的损失和赔偿要求，并要求对方给予合理的赔偿。
- 申请调解：若协商无果，您可以向当地的交通事故调解委员会或人民调解委员会申请调解。调解委员会会组织双方进行调解，并尝试达成调解协议。调解协议具有法律效力，双方应遵守。
- 提起诉讼：若调解也无果，您可以向法院提起诉讼，要求对方承担赔偿责任。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明自己的损失和对方的过错。法院会根据事实和法律规定来判决赔偿金额。
额外建议：
- 在处理此类事故时，建议您及时收集并保存所有相关证据，如医疗记录、费用清单、交通票据等。这些证据将在后续的协商、调解或诉讼中起到关键作用。
- 若您对法律程序或赔偿计算等方面存在疑问或不确定之处，建议您及时咨询专业律师（即我本人，杨利慧律师，专注于刑事辩护、交通事故等领域），以便获得更具体和专业的法律建议。
希望以上分析和建议能对您有所帮助。若您有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。