农村土地经营权争议的确权主体及纠纷性质，需根据具体争议内容来判断，既可能涉及行政确权，也可能属于民事纠纷。以下从不同角度进行详细分析：
一、行政确权情况
当农村土地经营权争议涉及政府相关部门的行政行为时，通常由政府土地管理部门进行确权，此类争议属于行政纠纷。主要情形包括：
行政确权纠纷：政府土地管理部门对土地承包经营权的权属进行确认时，当事人对确权决定不服，认为确权程序违法或事实认定错误，从而引发的纠纷。例如，当事人对政府颁发的土地承包经营权证书上的面积、四至界限等有异议，认为与实际情况不符，此时可申请行政复议或提起行政诉讼，要求政府重新确权或撤销原确权决定。
行政征收、征用纠纷：政府因公共利益需要征收、征用农村集体土地，涉及对土地承包经营权人的补偿安置问题。如果承包经营权人认为政府的征收、征用行为不合法，或者补偿安置标准不合理，与政府相关部门产生的争议即属于此类纠纷。例如，政府征收土地时，未按照法定程序进行公告、听证，或者补偿标准低于市场价格，承包经营权人可就此提起行政诉讼。
权属争议处理：关于土地所有权或使用权的归属问题存在争议，且通常由当事人协商解决；协商不成时，由人民政府处理。单位之间的争议由县级以上人民政府处理，个人之间、个人与单位之间的争议由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对处理决定不服的，可在规定期限内向人民法院起诉。例如，两个村民对同一块土地的使用权产生争议，经协商无果后，可申请乡级人民政府或县级人民政府处理，对处理决定不服的，可提起行政诉讼。
行政确权及纠纷解决途径：对于行政确权纠纷，当事人一般可以通过行政复议或行政诉讼等途径解决。行政复议是向作出行政行为的上一级行政机关或相关法定复议机关提出复议申请；行政诉讼则是向有管辖权的人民法院提起，由法院依据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关行政法规，对行政行为的合法性进行审查并作出裁决。
二、民事纠纷情况
当农村土地经营权争议发生在平等民事主体之间时，一般属于民事纠纷。常见情形包括：
承包合同纠纷：发包方与承包方在土地承包合同的订立、履行、变更、解除等方面产生的争议，如承包期限、承包费用支付方式等条款的履行问题。若一方认为另一方未按照合同约定履行义务，即可能引发此类纠纷。例如，发包方未按照合同约定提供土地，或者承包方未按时支付承包费用，双方可就此提起民事诉讼。
土地流转纠纷：在土地承包经营权流转过程中，流转双方因流转方式（转包、出租、互换、转让等）、流转期限、流转费用等事项产生分歧，例如土地转包后接包方和转包方对土地上农作物的收益分配产生争议。此类纠纷也属于民事纠纷范畴，双方可协商解决，协商不成的，可提起民事诉讼。
侵权纠纷：其他民事主体侵犯土地承包经营权人的合法权益，如未经允许在承包土地上进行建设、破坏农作物等行为，导致经济损失，由此引发的纠纷也属于民事纠纷范畴。例如，邻居未经允许在承包土地上堆放杂物，导致农作物受损，承包经营权人可就此提起民事诉讼，要求赔偿损失。
民事纠纷解决途径：对于民事纠纷，当事人通常通过民事诉讼程序解决。当事人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，依据《中华人民共和国民法典》合同编、物权编以及《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律法规来确定双方的权利义务关系，并维护自身合法权益。
三、总结与建议
农村土地经营权争议的确权主体及纠纷性质需根据具体争议内容来判断。在实际操作中，当事人应仔细分析纠纷性质，并选择相应的法律途径来有效解决纠纷。无论是行政纠纷还是民事纠纷，都有明确的法律依据和解决程序，以确保当事人的合法权益得到妥善保护。
建议：在遇到农村土地经营权争议时，当事人应首先尝试与对方协商解决；协商不成的，可根据纠纷性质选择行政复议、行政诉讼或民事诉讼等途径解决。同时，建议当事人在处理此类纠纷时，咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到最大程度的保护。如有任何法律问题，可直接向我咨询。