农村土地承包经营权的确定主要由县级以上地方人民政府及其相关部门负责。具体分析如下：
一. 确权流程与负责部门
农村集体土地（一般耕地等农用地）：
- 前期调查与基础工作：由县级以上地方人民政府农业农村、林业和草原等主管部门负责指导本行政区域内的土地承包经营权调查工作，对农村土地的权属、面积、四至等情况进行调查核实。乡（镇）人民政府农村经营管理部门具体承担组织和实施工作，逐户核实农户的土地承包信息。
- 登记与证书发放：县级以上地方人民政府负责土地承包经营权证的登记、发放工作。农村土地承包经营权证是确认承包方享有土地承包经营权的法律凭证。
其他类型土地：
- 对于草原承包经营权，由县级以上地方人民政府草原行政主管部门负责组织实施确权登记颁证工作。
- 对于海域养殖用海承包经营权，由海洋行政主管部门负责海域使用申请的受理、审查，并确定海域养殖用海承包经营权。
二. 法律依据
- 根据相关法律法规，土地承包经营权的确权工作涉及多个政府部门，但主要由县级以上地方人民政府及其相关部门负责。这些部门在确权过程中各有职责，共同确保土地承包经营权的合法性与稳定性。
综上所述，农村土地承包经营权的确定是一个涉及多个部门及不同阶段的流程，但主要由县级以上地方人民政府及其相关部门负责。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规，确保确权工作的顺利进行及承包经营权的合法有效。如有进一步需要，您可以继续咨询我。