关于两公司间签署风险代理协议收费50%是否有效的问题，结论需分情况讨论：
若协议内容合法且符合行业规范，收费50%可能有效
- 法律依据：根据《律师服务收费管理办法》第十三条，实行风险代理收费，律师事务所应当与委托人签订风险代理收费合同，约定双方应承担的风险责任、收费方式、收费数额或比例。虽然该办法主要针对律师事务所，但公司间签署风险代理协议时，亦可参照此精神，确保协议内容合法合规。
- 行业实践：在商业实践中，风险代理的收费比例往往根据案件的难易程度、标的额大小、代理人的风险承担能力等因素由双方协商确定。50%的收费比例虽然较高，但并非绝对无效，只要双方自愿且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，即可能被认定为有效。
- 判例参考：存在判例显示，法院在审理类似案件时，会重点审查协议内容是否合法、双方是否自愿、是否存在欺诈或胁迫等情形。若协议内容合法且双方自愿，法院通常会尊重当事人的意思自治，认定协议有效。
若协议存在违法情形或显失公平，收费50%可能无效
- 违法情形：若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，如涉及非法经营、欺诈等违法行为，则协议自始无效，无论收费比例如何。
- 显失公平：若协议中的收费比例明显过高，导致双方权利义务严重失衡，可能构成显失公平。在此情况下，受损方有权请求法院或仲裁机构变更或撤销协议。
- 判例参考：存在判例显示，法院在审理类似案件时，若认为收费比例过高且显失公平，会依法调整收费比例或判决协议部分无效。
建议与风险提示：
- 谨慎协商：在签署风险代理协议前，双方应充分协商并明确协议内容，包括收费比例、风险承担等关键条款。
- 合法合规：确保协议内容合法合规，不违反法律、行政法规的强制性规定。
- 风险评估：对案件的难易程度、标的额大小、代理人的风险承担能力等因素进行全面评估，以确定合理的收费比例。
- 寻求专业意见：在签署协议前，建议咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保协议的合法性和有效性。
若您在此类协议签署或履行过程中遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。我将结合您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。