结论：施工单位若因甲方一直未办理施工许可证而想取消项目经理，需依据合法合规的程序进行，一般可分内部程序和外部协调两方面着手，且要综合考虑可能面临的法律风险。以下为详细说明：

1. 内部程序方面

   • 依据公司规章制度：施工单位应首先查看公司内部关于项目经理任免的相关规章制度。如果制度中明确规定了因特定原因（如项目合法性出现问题等类似与甲方未办理施工许可证这种影响项目正常推进的情况）可以取消项目经理职务，那么施工单位可以按照制度规定的流程进行操作。例如，制度可能要求先由相关部门提出取消建议，然后经过公司管理层会议讨论决定，最后以书面形式通知项目经理本人。
   • 劳动合同约定：检查与项目经理签订的劳动合同中是否有关于职务变更、解除的相关条款。如果合同中有约定在特定条件下（如项目因甲方原因无法合法开展等）施工单位有权取消其项目经理职务，那么施工单位可以依据合同约定进行处理。但要注意，即使依据合同取消职务，也需要遵循合同中规定的程序，如提前通知期限等，避免因违反合同约定而引发劳动纠纷。

2. 外部协调方面

   • 与甲方沟通：在决定取消项目经理之前，施工单位应与甲方进行充分沟通。向甲方说明因未办理施工许可证，项目无法合法正常推进，继续由当前项目经理负责可能面临诸多风险和问题，如行政处罚、项目停滞等。尝试与甲方协商解决方案，如督促甲方尽快办理施工许可证，或者协商调整项目管理团队等。如果甲方同意更换项目经理或者采取其他合理措施解决问题，那么施工单位可以按照协商结果进行操作。
   • 向相关部门反映情况：如果甲方拒绝办理施工许可证且坚持要求继续施工，施工单位可以向当地建设行政主管部门反映情况。建设行政主管部门有权对未取得施工许可证擅自施工的行为进行查处，包括责令停止施工、罚款等。在反映情况时，施工单位可以说明因甲方原因导致项目管理困难，申请对项目经理的职务进行调整或者变更，以避免因项目违法施工而承担不必要的法律责任。

3. 法律风险考量

   • 劳动法律风险：在取消项目经理职务的过程中，施工单位要确保不违反劳动法律法规。例如，不能无故解除与项目经理的劳动合同，如果因取消职务导致劳动合同解除，要按照法律规定支付相应的经济补偿。否则，项目经理可能会通过劳动仲裁等途径维护自己的合法权益，给施工单位带来不必要的麻烦和损失。
   • 项目法律风险：如果施工单位在未妥善处理项目经理职务问题的情况下擅自停止施工或者更换项目经理，可能会被甲方认定为违约行为，从而面临甲方的索赔。因此，在采取任何行动之前，施工单位要充分考虑项目合同的约定，确保自己的行为符合合同要求，避免因操作不当而承担违约责任。

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