有合法建筑物的土地，在特定情况下是可以单独查封的，但并非绝对，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、土地与建筑物权属关系对查封的影响
土地与建筑物权属一致时：
- 若土地使用权与地上建筑物所有权属于同一主体，根据《民法典》及相关法律规定，土地使用权和地上建筑物应视为一个整体进行处分。在此情况下，若要对土地进行查封，通常也会涉及地上建筑物的查封，因为两者在法律上不可分割。但理论上，若仅因土地使用权纠纷（如土地出让金未缴清等），且该纠纷与地上建筑物无直接关联，法院在特定情况下可能仅对土地使用权进行查封，而不涉及地上建筑物。然而，这种情形较为少见，且需法院根据具体案情和法律规定进行裁量。
土地与建筑物权属不一致时：
- 若土地使用权与地上建筑物所有权分别属于不同主体，根据“房地一体”原则在处分时的适用限制，但在查封环节，理论上可以分别对土地使用权和地上建筑物进行查封。例如，若土地使用权人因债务纠纷被查封土地，而地上建筑物所有权人并未涉及该债务纠纷，则地上建筑物不应被一并查封。但实际操作中，法院可能会考虑查封的效率和效果，以及避免后续处置中的纠纷，而倾向于对土地和建筑物一并查封。不过，若地上建筑物所有权人能提供充分证据证明其权益不受土地使用权纠纷影响，可向法院提出异议，请求解除对地上建筑物的查封。
二、查封的法律依据与程序
- 法律依据：查封土地及地上建筑物的法律依据主要包括《民事诉讼法》、《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》等。这些法律法规规定了查封的条件、程序、范围等，为法院查封土地及地上建筑物提供了法律依据。
- 查封程序：查封土地及地上建筑物需遵循法定程序，包括制作查封裁定书、送达被执行人、通知相关部门协助执行等。在查封过程中，法院需对查封财产进行详细登记，并制作查封清单。若仅对土地进行查封，也需遵循相同程序，并确保查封行为不损害地上建筑物所有权人的合法权益。
三、实际操作中的考量因素
- 查封目的：法院在决定是否查封土地时，会考虑查封的目的和必要性。若查封土地足以实现债权或解决纠纷，则可能不会一并查封地上建筑物。
- 权益平衡：法院在查封过程中需平衡各方当事人的权益，确保查封行为不损害无辜第三方的合法权益。若地上建筑物所有权人未涉及纠纷，法院在查封土地时需谨慎处理，避免对地上建筑物造成不当影响。
- 处置难度：若土地与地上建筑物权属不一致，且分别涉及不同纠纷，法院在查封后可能面临处置难度。在此情况下，法院可能更倾向于对土地和建筑物一并查封，以简化处置程序、提高处置效率。
建议：若您面临土地查封问题，且涉及地上建筑物权属纠纷，建议及时咨询专业律师，了解具体案情下的法律风险和应对策略。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律建议，帮助您维护合法权益。