对有建筑物的建设用地，不可以单就建设用地申请查封，其地上建筑物应当一并查封。以下是对此问题的详细分析：

一. 国有建设用地与地上建筑物的关系

• 国有建设用地使用权是指依法对国家所有的土地享有建造建筑物、构筑物及其附属设施的用益物权。
• 地上建筑物作为土地使用权的附属物，其权利状态与土地使用权紧密相关。

二. 查封的法律规定

• 根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》，人民法院在民事执行过程中，可以依法对被执行人的财产进行查封、扣押、冻结。
• 查封的效力及于地上建筑物。即使地上建筑物和土地使用权的登记机关不是同一机关，也应当分别办理查封登记，以确保查封的全面性和有效性。

三. 查封的实施

• 在实施查封时，人民法院会考虑地上建筑物的存在，并不会仅针对建设用地本身进行查封。
• 地上建筑物作为土地使用权的重要组成部分，其价值和使用功能与建设用地紧密相关，因此必须一并查封。

综上所述，对有建筑物的建设用地，不能单就建设用地申请查封，而是应当同时考虑并查封其地上的建筑物。这是为了确保查封措施的全面性和有效性，防止被执行人通过转移或隐匿地上建筑物来逃避执行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。