关于商品房预售合同约定万分之三违约金法院是否认定过高的问题，结论需分情况讨论：

1. 若万分之三的违约金未超过实际损失的30%
   根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》（2020年修正）第十二条，违约金超过实际损失30%的，法院才会依申请减少。例如，若因违约导致的实际损失为每月1万元，而合同约定违约金为每月1.3万元（即损失的130%），此时违约金未超过法定上限，法院通常会支持按约定执行。
   法律依据：

   • 《民法典》第五百八十五条：约定的违约金过分高于损失的，法院可适当减少。
     
   • 上述司法解释第十二条：以“超过损失30%”为调整标准。

2. 若万分之三的违约金超过实际损失的30%
   若实际损失为每月1万元，但违约金约定为每月1.5万元（即损失的150%），此时超出部分（2000元）可能被法院认定为过高，并依申请调整至合理范围（如1.3万元）。
   调整逻辑：

   • 法院会综合考量合同履行情况、过错程度、预期利益等因素，而非机械适用30%标准。例如，若开发商因资金链断裂导致延期交房，且购房者无实际损失（如已租房居住），法院可能进一步下调违约金。

3. 若合同未约定违约金或约定不明确
   根据上述司法解释第十三条，法院会参照以下标准确定违约金：

   • 逾期付款：按未付购房款总额，参照中国人民银行逾期贷款利息标准计算。
     
   • 逾期交房：按逾期期间同地段同类房屋租金标准确定。
     示例：若购房者未付尾款100万元，逾期30天，且同期贷款利息为年化5%，则违约金约为4167元（100万×5%÷360×30）。

实务建议：

• 购房者：签订合同时，可要求明确违约金计算方式（如按日万分之三），并保留实际损失证据（如租房合同、利息支出凭证），以支持主张。
  
• 开发商：若认为违约金过高，需在诉讼中提供损失证据（如资金成本、管理费用等），证明约定违约金远超实际损失。
  
• 双方均需注意：违约金调整需以“请求”为前提，即一方需主动向法院提出申请，否则法院不会主动干预。

风险提示：

• 违约金调整结果具有不确定性，法院可能结合公平原则和诚实信用原则进行裁量。例如，若开发商恶意违约（如将房屋另售他人），法院可能倾向支持较高违约金。
  
• 若合同中同时约定违约金和定金，一方违约时，对方只能选择适用其一（《民法典》第五百八十八条）。

如有具体案情或证据材料，可进一步向我咨询，我会结合细节提供更精准的分析。