企业以租代征占用村民土地二十多年，村民可依法维权，要求企业停止侵害、返还土地并赔偿损失，或通过行政复议、诉讼等途径追究相关部门责任。以下从多个角度进行分析：

一、法律定性

“以租代征”是指通过租用农民集体土地进行非农业建设，擅自扩大建设用地规模的行为。这种行为违反了《土地管理法》中关于土地用途管制和农用地转用的规定，属于非法占地行为。企业以租代征占用村民土地二十多年，显然构成了对村民土地权益的长期侵害。

二、维权途径

1. 协商解决：

   • 村民可以首先尝试与企业进行协商，要求企业停止侵害、返还土地，并赔偿因非法占地给村民造成的损失。
   • 协商过程中，村民应保留好相关证据，如租赁合同、土地权属证明、企业占地建设的照片或视频等，以便在协商不成时作为维权依据。

2. 行政投诉：

   • 村民可以向当地国土资源部门或农业部门投诉，要求相关部门对企业非法占地行为进行查处。
   • 相关部门在接到投诉后，应依法进行调查处理，并给予村民书面答复。如果相关部门不作为或处理不当，村民可以进一步向上级部门或纪检监察机关反映情况。

3. 行政复议与诉讼：

   • 如果村民对相关部门的处理结果不满意，或者相关部门未依法履行职责，村民可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
   • 在行政复议或诉讼过程中，村民应提供充分的证据证明企业非法占地的事实以及相关部门的不作为或处理不当，以维护自己的合法权益。

三、法律责任

1. 企业责任：

   • 企业应承担停止侵害、返还土地、赔偿损失等民事责任。
   • 如果企业的行为构成犯罪（如非法占用农用地罪），还应依法承担刑事责任。

2. 相关部门责任：

   • 如果相关部门在监管过程中存在失职、渎职等行为，导致企业非法占地行为得以持续，相关部门应依法承担行政责任。
   • 村民可以通过行政复议或诉讼途径追究相关部门的责任，要求相关部门依法履行职责，并赔偿因失职、渎职给村民造成的损失。

四、注意事项

1. 保留证据：村民在维权过程中应保留好相关证据，以便在需要时提供证明。
2. 依法维权：村民应依法进行维权活动，避免采取过激行为或违法手段。
3. 寻求专业帮助：如果村民在维权过程中遇到困难或问题，可以寻求专业律师或法律援助机构的帮助。