企业租赁农民耕地以租代征是不合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律定义与禁止性规定
“以租代征”是指企业或个人以租赁土地的名义，长期占用农民集体所有的农用地进行非农业建设的行为。这种行为实质上是规避了法定的农用地转用和土地征收审批程序，违反了《土地管理法》等相关法律法规的规定。
根据《土地管理法》第四十四条：“建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。”以及第四十三条：“任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；但是，兴办乡镇企业、村民建设住宅或者乡（镇）村公共设施和公益事业建设经依法批准使用农民集体所有的土地的除外。”这些规定明确表明，除特定情况外，任何单位和个人进行非农业建设，必须依法申请使用国有土地，而不能通过租赁农用地的方式规避审批。
二、法律后果
协议无效：由于“以租代征”行为违反了法律的强制性规定，因此企业与农民或村委会签订的土地租赁协议通常会被认定为无效。这意味着企业无法依据该协议合法占用土地进行非农业建设。
土地返还与恢复：一旦“以租代征”行为被查处，企业不仅需要返还非法占用的土地，还需要承担拆除地上建筑物、恢复土地原状的责任。这可能导致企业投入巨资建设的项目化为乌有。
行政处罚与刑事责任：对于违法者，相关部门将依法进行行政处罚，包括责令退还非法占用的土地、拆除地上建筑物、恢复土地原貌以及并处罚款等。若非法占用农用地情节严重，还可能构成非法占用农用地罪，依法追究刑事责任。
三、对农民权益的影响
“以租代征”行为严重侵害了农民的合法权益。一方面，农民可能因土地被非法占用而失去生活来源和生存保障；另一方面，由于租赁协议无效，农民可能无法获得应有的土地补偿和安置费用。此外，这种行为还可能导致土地用途的混乱，影响农业生产的稳定和农村的发展。
四、农民维权途径
如果农民遭遇“以租代征”行为，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
向法院起诉：请求确认租赁协议无效，要求返还土地并赔偿损失。
向自然资源部门举报：要求对违法用地行为依法进行查处。
申请行政救济：若自然资源部门不作为或处理不当，可以提起行政诉讼或申请行政复议。
建议：企业在用地时应严格遵守相关法律法规的规定，依法办理农用地转用审批手续，通过正规程序取得建设用地使用权。农民在遇到“以租代征”行为时，应保持警惕并及时向有关部门反映以维护自己的合法权益。如果有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。