核心结论：针对二调为林地、三调为耕地且林业部门要处罚的情况，需先核实土地调查结果差异原因，再依据具体情形判断处罚的合法性与合理性，不同情形下处理方式不同。以下为详细分析：

1. 核实土地调查结果差异原因

土地调查结果的差异可能由多种因素导致，这是判断后续处理方式的关键前提。

• 测量误差或技术更新：土地调查是一项复杂且技术性较强的工作，不同时期的调查可能采用不同的测量方法、技术手段和标准。例如，早期调查可能受限于当时的测绘技术，对土地地类的判断不够精准；而第三次全国国土调查（三调）采用了更先进的遥感影像、地理信息系统等技术，能够更准确地识别土地的地类。如果差异是由于测量误差或技术更新导致的，那么需要进一步核实具体情况，不能简单地以三调结果为依据进行处罚。
• 土地实际用途改变：在两次调查间隔期间，土地的实际用途可能发生了改变。比如，原本的林地可能被开垦为耕地用于农业生产。这种情况下，需要查明土地用途改变是否符合相关法律法规的规定。如果土地用途改变经过了合法的审批程序，如办理了林地征占用手续、进行了耕地开垦验收等，那么林业部门的处罚可能缺乏依据；如果未经合法审批擅自改变土地用途，则可能面临相应的法律责任。

2. 依据具体情形判断处罚的合法性与合理性

• 未经审批擅自改变林地用途为耕地
  • 法律依据：根据《中华人民共和国森林法》规定，禁止毁林开垦、采石、采砂、采土以及其他毁坏林木和林地的行为。未经县级以上人民政府林业主管部门审核同意，擅自改变林地用途的，由县级以上人民政府林业主管部门责令限期恢复植被和林业生产条件，可以处恢复植被和林业生产条件所需费用三倍以下的罚款。
  • 处理方式：如果二调为林地，三调为耕地是由于当事人未经审批擅自将林地开垦为耕地，那么林业部门有权依据上述法律规定进行处罚。处罚措施包括责令限期恢复植被和林业生产条件，并可根据情节轻重处以相应罚款。
• 经合法审批改变林地用途为耕地
  • 法律依据：在一些情况下，为了满足经济社会发展、农业生产等需要，经过合法的审批程序，可以将林地转变为耕地。例如，根据相关规划，对一些适宜开垦为耕地的低效林地进行改造，经过林业、国土等部门的审批后实施。
  • 处理方式：如果土地用途的改变经过了合法的审批程序，那么林业部门不应再进行处罚。此时，当事人可以提供相关的审批文件等证据，证明土地用途改变的合法性。如果林业部门仍然坚持处罚，当事人可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
• 调查结果错误或存在争议
  • 处理方式：如果当事人认为二调或三调的结果存在错误，或者对林业部门的处罚依据和程序存在争议，可以采取以下措施：一是向相关部门提出异议申请，要求对土地调查结果进行复核。例如，可以向当地自然资源部门或林业部门提出申请，要求重新核实土地的地类和用途；二是申请行政复议。如果对林业部门的处罚决定不服，可以在知道该具体行政行为之日起六十日内，向作出处罚决定的林业部门的本级人民政府或者上一级林业主管部门申请行政复议；三是提起行政诉讼。如果对行政复议结果仍然不满意，可以在收到行政复议决定书之日起十五日内，或者自知道林业部门作出具体行政行为之日起六个月内，向人民法院提起行政诉讼。

在实际操作中，情况可能更为复杂，建议你将具体的调查报告、审批文件等相关材料提供给我，以便我更准确地为你分析判断和处理。