国土三调认定为林地但农民已确权的，需依据相关法律法规和政策规定，结合实际情况进行处理。以下是详细分析：
一. 明确国土三调与土地确权的法律依据
国土三调的法律地位：国土三调，即第三次全国国土调查，其结果是国家对土地资源现状和权属状况的重要认定。根据自然资源部和国家林业和草原局联合印发的《关于以第三次全国国土调查成果为基础明确林地管理边界规范林地管理的通知》（自然资发〔2023〕53号），国土三调成果是明确林地管理边界、规范林地管理的重要依据。
土地确权的法律依据：土地确权是对土地所有权、土地使用权和其他项权利的确认和确定，依据的是《土地管理法》、《土地管理法实施条例》等相关法律法规。农民通过确权程序获得的土地使用权，在法律上是受到保护的。
二. 分析国土三调与土地确权冲突的处理原则
尊重历史与现实：根据《国家土地管理局关于印发〈确定土地所有权和使用权的若干规定〉的通知》第二十一条及最高法的相关判例，处理土地权属争议时，应当尊重历史、面对现实，实事求是地作出处理。这意味着，在处理国土三调与土地确权的冲突时，需要综合考虑土地的历史使用情况和现实管理状况。
依法依规处理：对于国土三调认定为林地但农民已确权的土地，应严格依据法律法规和政策规定进行处理。例如，如果农民在确权后的耕地上种树，且该行为不符合国家退耕还林或防护林建设等政策，那么根据《关于以第三次全国国土调查成果为基础明确林地管理边界规范林地管理的通知》的规定，这些土地在尊重农民意愿的前提下，应逐步恢复为耕地。
三. 提出具体处理建议
调查核实：首先，应对争议土地进行详细的调查核实，包括土地的历史使用记录、确权证书、国土三调成果等，以明确土地的实际状况和权属关系。
沟通协调：在调查核实的基础上，应组织相关部门和当事人进行沟通协调，寻求双方都能接受的解决方案。例如，可以通过调整土地利用规划、给予经济补偿等方式，解决农民因土地用途变更而面临的困难。
依法处理：如果沟通协调无法达成一致，应依法依规进行处理。这可能涉及土地征收、补偿安置、行政裁决、行政复议或诉讼等程序。在处理过程中，应充分保障农民的合法权益，确保处理结果的公正性和合法性。
我的观点：处理国土三调与土地确权的冲突时，应坚持依法依规、尊重历史与现实的原则，综合考虑土地的历史使用情况和现实管理状况，寻求双方都能接受的解决方案。同时，应加强对农民的法律宣传和教育，提高他们对土地管理和使用的法律意识，避免类似争议的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。