若司机被指控拉运的货物被掉包，首先应当明确的是，这涉及货物运输过程中的责任归属与证据收集问题，需根据具体情况分析处理。以下是从不同角度给出的详细解答：
一、司机角度
核实指控真实性：
- 司机应首先核实对方指控的真实性，包括掉包货物的种类、数量、价值等具体信息，以及对方是否有初步证据支持其指控。
收集证据：
- 司机应立即收集并保存所有可能证明自己清白的证据，如运输单据、装货时的照片或视频、货物封签记录、运输过程中的监控录像（如有）、与托运人的沟通记录等。
- 若货物在运输过程中有第三方监管（如物流公司、仓库等），司机应尽快联系这些第三方，获取他们的证明或监控记录。
报警或寻求法律援助：
- 若司机认为自己被冤枉，且对方指控严重，司机应考虑报警，让警方介入调查。
- 同时，司机也可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律后果，以便在必要时采取法律行动保护自己。
二、托运人角度
初步调查：
- 托运人在发现货物可能被掉包后，应首先进行初步调查，包括检查货物包装、封签是否完好，核对货物数量、种类是否与运输单据一致等。
与司机沟通：
- 托运人应与司机进行沟通，了解运输过程中的具体情况，要求司机提供运输单据、装货照片或视频等证据。
- 若司机无法提供足够证据证明自己清白，托运人可以考虑进一步调查或采取法律行动。
法律途径：
- 若托运人认为司机确实存在掉包行为，且证据充分，托运人可以向法院提起诉讼，要求司机赔偿损失。
- 在诉讼过程中，托运人需要提供充分的证据证明司机存在过错，如货物损失的具体情况、司机的过错行为、损失与过错行为之间的因果关系等。
三、法律背景与建议
法律背景：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于运输合同的规定，承运人（司机）有义务按照约定的时间、地点、方式将货物安全运输到约定地点，并交付给收货人。
- 若承运人未能履行上述义务，导致货物损失或灭失的，承运人应承担赔偿责任。但承运人能证明货物的毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，不承担赔偿责任。
法律建议：
- 对于司机而言，保持运输过程中的证据完整性和真实性至关重要。在运输前、运输中、运输后都应尽可能收集并保存相关证据，以备不时之需。
- 对于托运人而言，选择信誉良好的承运人、签订详细的运输合同、明确双方的权利义务和责任划分也是预防货物损失的重要措施。
- 在发生纠纷时，双方应保持冷静和理性，通过协商、调解或法律途径解决争议，避免情绪化行为导致损失扩大。
若您遇到类似问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。