员工病假扣年终奖金是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 劳动合同或公司规章制度有明确规定

   • 合法情况：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了病假与年终奖的关系，例如病假达到一定天数会扣除年终奖，且这些约定或规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位有权按照约定或规定执行。这种情况下，扣除年终奖是合法的。
   • 举例：假设公司规章制度中规定，员工病假超过15天，将扣除当年年终奖的50%。若员工确实病假超过了15天，那么公司按照此规定扣除年终奖是合法的。

2. 劳动合同或公司规章制度无明确规定

   • 不合法情况：在没有明确规定的情况下，用人单位不能随意以员工请病假为由扣除其年终奖。年终奖的发放应遵循公平合理、诚实信用的原则，考虑员工的实际绩效和贡献。如果公司无故扣除年终奖，可能构成违法。
   • 举例：若公司规章制度中未提及病假与年终奖的关系，但公司以员工请病假为由扣除了年终奖，员工有权提出异议，并可以要求公司补发年终奖或寻求法律途径解决。

3. 考虑员工实际工作表现和贡献

   • 酌情发放：即使员工请了病假，但如果其在正常工作期间表现出色、业绩突出，对公司有较大贡献，公司仍可能会酌情发放年终奖。反之，如果员工平时工作表现一般，且病假时间较长，影响了工作进度和团队协作，公司可能会减少或不发放年终奖。这体现了用人单位对员工绩效的考核和奖励机制。
   • 举例：某员工在病假前完成了重要项目，为公司带来了显著收益。尽管该员工后来请了病假，但公司仍可能因其之前的贡献而发放全额或部分年终奖。

4. 法律层面的规定

   • 年终奖非法定福利：年终奖并非法定福利，法律并未强制要求公司必须发放。因此，公司有权根据自身的经营状况、员工的绩效等因素来决定是否发放以及发放的金额。
   • 合同约定优先：然而，如果劳动合同中有关于年终奖的明确约定，公司应当按照约定执行，不能因员工请病假而随意取消或扣减，除非员工的病假情况符合合同中约定的扣除条件。

建议与行动：

• 员工方面：建议员工在签订劳动合同时，仔细阅读合同条款，特别是关于年终奖和病假的规定。如果公司规章制度中有相关规定，也应了解清楚。在请病假前，最好与公司沟通，了解病假对年终奖的影响。如果公司无故扣除年终奖，员工可以与公司协商，协商不成可以寻求法律途径解决。
• 公司方面：建议公司制定明确的年终奖发放规定，并确保规定的执行过程透明、公正。在制定规章制度时，应充分考虑员工的合法权益，避免制定过于苛刻或不合法的条款。

总结：员工病假扣年终奖金是否合法，取决于劳动合同约定、公司规章制度、员工实际工作表现及贡献，以及法律法规的规定。在处理此类问题时，应兼顾用人单位的自主权和劳动者的合法权益，确保双方都能在法律框架内得到公正对待。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。