结论：执行工程款时，若该工程款属于加盖公章的公司所有，且符合执行条件，是可以对该部分工程款进行执行的。但具体能否执行，还需根据工程款的性质、归属以及是否存在其他执行障碍等因素综合判断。
分析说明：
工程款的性质与归属：
- 工程款是承包人进行工程建设，发包人应支付的合同价款。若工程款已经明确归属于某公司，且该公司加盖了公章进行确认，那么这部分工程款在法律上即视为该公司的财产。
- 在执行过程中，法院会首先确认工程款的归属，确保执行的对象是正确的。若工程款确实属于被执行公司所有，且没有其他争议，那么法院有权对该部分工程款进行执行。
执行条件：
- 执行工程款需要满足一定的法律条件，如存在有效的执行依据（如判决书、裁定书等）、被执行人未履行义务、执行标的明确且可执行等。
- 若加盖公章的公司作为被执行人，且其工程款符合上述执行条件，那么法院可以依法对该部分工程款进行查封、扣押、冻结或划拨等执行措施。
可能存在的执行障碍：
- 优先受偿权：在建设工程领域，承包人可能享有优先受偿权，即在其承建的工程范围内，对工程款享有优先于其他债权人的受偿权利。若存在优先受偿权的情况，执行时需考虑这一因素。
- 其他执行异议：如案外人对执行标的提出异议，认为工程款不属于被执行公司所有，或存在其他执行障碍（如工程款已被其他法院查封、冻结等），那么执行过程可能会受到一定影响。
法律建议：
- 确认工程款归属：在执行前，务必确认工程款的归属，确保执行的对象是正确的。可以通过查阅合同、结算单、发票等证据材料来确认。
- 了解执行条件：熟悉并了解执行工程款的法律条件，确保执行过程合法合规。若存在不确定或疑问的情况，建议咨询专业律师进行法律分析。
- 应对执行障碍：若在执行过程中遇到优先受偿权或其他执行异议的情况，应及时与法院沟通，了解具体情况，并寻求专业律师的帮助，以制定合适的应对策略。
后续行动建议：
- 若您面临执行工程款的问题，且涉及加盖公章的公司，建议您首先收集相关证据材料，确认工程款的归属和执行条件。
- 如有需要，您可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。