总公司有执行官司，分公司的工程款能否执行，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、分公司财产独立性角度
分公司财产独立于总公司：
- 如果分公司具有独立的财产，且该财产足以清偿其债务，那么分公司的工程款通常不会被直接执行以偿还总公司的债务。因为分公司在法律上虽非独立法人，但若其财产独立，则应以其自有财产承担责任。
分公司财产不独立于总公司：
- 如果分公司没有独立的财产，或者其财产与总公司混同，那么分公司的工程款可能会被视为总公司的财产，从而有可能被执行以偿还总公司的债务。在这种情况下，分公司的财产实际上成为了总公司财产的一部分，无法单独隔离。
二、执行程序角度
执行申请与审查：
- 当债权人申请执行总公司的财产时，法院会对总公司的财产状况进行审查。如果审查发现分公司有可供执行的财产（如工程款），且该财产与总公司财产混同或无法明确区分，法院可能会决定执行分公司的工程款。
执行异议与救济：
- 如果分公司认为执行其工程款不当，可以提出执行异议。法院会对执行异议进行审查，并根据审查结果作出裁定。如果分公司对裁定不服，还可以依法提起诉讼，寻求法律救济。
三、实际操作建议
了解分公司财产状况：
- 在执行过程中，债权人应尽可能了解分公司的财产状况，包括其是否拥有独立的财产、财产是否与总公司混同等。这有助于债权人判断执行分公司工程款的可能性。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但为保持回答完整性仍列出，实际回答中可侧重于具体法律操作）：
- 鉴于执行程序的复杂性和法律规定的细致性，建议债权人在执行过程中咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助债权人制定合适的执行策略。不过，作为丁艾东律师，我直接在这里给你提供法律分析，你可以根据我的分析来操作或进一步向我咨询。
注意执行顺序和比例：
- 如果分公司和总公司均有可供执行的财产，法院在执行时可能会考虑执行顺序和比例。债权人应关注法院的执行裁定，确保自己的权益得到充分保障。
总结来说，分公司工程款能否被执行以偿还总公司的债务，取决于分公司的财产是否独立于总公司以及执行程序的具体情况。债权人应了解相关法律规定和执行程序，必要时咨询专业律师（即向我咨询），以制定合适的执行策略。如果你有更具体的案情或需要进一步的法律分析，可以直接向我提问。