女性在怀孕期间严重违反公司章程，用人单位是有权辞退的，但必须确保规章制度的合法性、合理性以及辞退程序的正当性。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同，其中就包括“严重违反用人单位的规章制度的”。这一规定普遍适用于所有劳动者，特别强调了其也包括处于孕期内的女性职工。因此，怀孕并不是女职工免受辞退保护的绝对理由。

二、对“严重违反公司制度”的界定

“严重违反公司制度”通常需基于公司具体且合法的规章制度来判断，这些制度必须经过民主程序制定、内容合法并已向劳动者公示。常见的严重违规情形包括但不限于：

• 考勤问题：如长期旷工、无故缺勤，且未履行请假手续或提供正当理由。
• 工作纪律：在工作期间从事与工作无关的活动，经多次警告仍不改正，严重影响工作效率和秩序。
• 保密与职业道德：泄露公司机密、收受贿赂、利用职务之便谋取私利等行为，给公司造成损失或风险。

三、辞退程序的合法性要求

在辞退怀孕女职工时，用人单位必须遵循严格的法律程序：

1. 充分调查：对女职工的违规行为进行全面、客观的调查，并收集确凿证据。
2. 通知工会：按照《劳动合同法》第四十三条的规定，事先将辞退理由通知工会，并听取其意见。
3. 书面送达：以书面形式正式向女职工送达辞退决定，明确说明辞退的原因和法律依据。

四、规章制度的合法性与合理性

用人单位在制定和执行规章制度时，必须确保其合情、合理、合法，并已向全体员工公示。若规章制度本身存在问题，如未经民主程序制定、内容违法或未公示，则不能作为解除劳动合同的依据。

五、女职工的权益保护

虽然怀孕女职工在严重违规时可被辞退，但她们仍享有法律赋予的特定权益。如果女职工认为辞退决定不当，可以依法主张继续履行合同，并要求用人单位赔偿因劳动合同解除日至恢复日之间的工资损失。这一权利受到《中华人民共和国妇女权益保障法》、《女职工劳动保护规定》等相关法律法规的保护。

六、实际建议

1. 对于用人单位：在辞退怀孕女职工前，务必确保规章制度合法有效，且女职工的违规行为确实构成“严重违反”。同时，要严格遵循辞退程序，确保整个过程的合法性和正当性。
2. 对于怀孕女职工：应自觉遵守公司规章制度，避免违规行为。如果认为辞退决定不当，可以依法维权，要求用人单位承担相应的法律责任。

综上所述，女性在怀孕期间严重违反公司章程时，用人单位有权解除劳动合同，但必须确保规章制度的合法性、合理性以及辞退程序的严格遵循。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。