结论：双休的工作单位不按工作日计算出勤天数，是否违法需分情况讨论，具体如下：
若单位采用标准工时制且双休为固定休息日，不按工作日计算但实际保障双休权益，通常不违法
- 法律背景：根据《劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。在标准工时制下，若单位明确双休为固定休息日，且不按工作日计算但实际保障了劳动者每周两天的休息时间，这种计算方式通常不违反法律规定。
- 例子说明：假设某单位实行标准工时制，规定每周一至周五为工作日，周六、周日为休息日。单位在计算考勤时，不按具体工作日天数，而是按周或月统计出勤情况，但确保劳动者每周都能享受两天的休息时间。这种情况下，单位的计算方式并不违法。
若单位采用标准工时制但双休不固定，或未保障劳动者实际休息权益，不按工作日计算可能违法
- 法律背景：同样根据《劳动法》第三十八条，若单位未保障劳动者每周至少一天的休息时间，或者通过不合理的计算方式变相剥夺劳动者的休息权益，则可能构成违法。例如，单位虽然名义上实行双休，但实际上通过调休、补班等方式，使得劳动者无法享受连续的双休时间，或者通过不按工作日计算考勤，导致劳动者在休息日加班却未获得相应补偿。
- 例子说明：假设某单位实行标准工时制，但规定劳动者在双休日需轮流值班，且值班不计入加班。或者单位在计算考勤时，将双休日也计入工作日，导致劳动者在休息日工作却未获得加班费。这些情况下，单位的计算方式可能违法。
若单位采用综合计算工时制或不定时工时制，需根据具体规定判断
- 法律背景：对于实行综合计算工时制或不定时工时制的单位，其工作时间和休息时间的安排可能更加灵活。但即便如此，单位也需确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，且保障劳动者的休息权益。
- 分析说明：在综合计算工时制下，单位可以按照一定周期（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。若单位通过不合理的计算方式，导致劳动者在双休日工作却未获得相应补偿，或者未保障劳动者的休息权益，则可能构成违法。在不定时工时制下，单位需根据工作性质和特点，合理安排劳动者的工作时间和休息时间，确保劳动者的身心健康。
法律建议：
- 若您对单位的出勤计算方式有疑问，建议首先查阅单位的规章制度或劳动合同，了解单位的具体规定。
- 若您认为单位的计算方式侵犯了您的休息权益，可以与单位进行沟通协商，要求单位改正。
- 若沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 若单位的计算方式确实违法，且您通过合法途径维权成功，单位可能需要承担相应的法律责任，如支付加班费、赔偿损失等。
- 若您因维权行为与单位产生纠纷，可能会影响您与单位的关系，甚至可能导致劳动关系的解除。因此，在维权过程中，建议您保持冷静和理性，通过合法途径解决问题。